Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001387`

染色体: Chr07 坐标: 10765167-10767301 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001387`
名称	SmilChr07G001387
描述	uncharacterized SmilChr07G001387
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	10765167 - 10767301 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992574`
GeneID	`130992574`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992574`
原始查询	`SmilChr07G001387`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Cysteine/Histidine-rich C1 domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:2745710]; symbol=AT4G16015; hit=AT4G16015; species=arabidopsis; confidence=low
产物	Cysteine/Histidine-rich C1 domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:2745710]; symbol=AT4G16015; hit=AT4G16015; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT4G16015` (AT4G16015) Cysteine/Histidine-rich C1 domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:2745710] identity=26.4; qcov=0.929; evalue=9.34e-41; confidence=low
Rice	`Os07g0611200` - identity=30.1; qcov=0.297; evalue=1.83e-15; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03107 (C1_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992574

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057773244.1`
2	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057773244.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057773244.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057773244.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057773244.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:10765292`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B62,B73,B84,C17,D5
`Chr7:10765375`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B56,B96,D11
`Chr7:10765652`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C7,D7
`Chr7:10765661`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B69
`Chr7:10765742`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B95,D4
`Chr7:10765832`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B55,C2,C3,C39,D1
`Chr7:10765940`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B115,B12
`Chr7:10765942`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C51
`Chr7:10766509`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A14,B103
`Chr7:10766537`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B69
`Chr7:10766668`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C27
`Chr7:10766884`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773244.1

617 aa

308

617

C1_2

PF03107 C1_2 74-120 aa PF03107 C1_2 138-183 aa PF03107 C1_2 193-242 aa PF03107 C1_2 388-422 aa PF03107 C1_2 494-540 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057773244.1`	Pfam	`PF03107`	C1_2	Domain	74	120	2.2e-62	207.9	C1 domain
`XP_057773244.1`	Pfam	`PF03107`	C1_2	Domain	138	183	2.2e-62	207.9	C1 domain
`XP_057773244.1`	Pfam	`PF03107`	C1_2	Domain	193	242	2.2e-62	207.9	C1 domain
`XP_057773244.1`	Pfam	`PF03107`	C1_2	Domain	388	422	2.2e-62	207.9	C1 domain
`XP_057773244.1`	Pfam	`PF03107`	C1_2	Domain	494	540	2.2e-62	207.9	C1 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917261.1
TTAATTAATTAGAGAGAGAGAATTATGGAGGAGGAGAAGGTTATTAGGGCTTTGTACCACAAGCACCCTTTAATTCTAAAAGAGAATGTGAGTATGGAAGAGAGAGTAGATTGCTATGGTTGTGGCAATCCCGTAGGTAATTTAGAGAAAGCATATGTATGTATGGAACAACATTGTAGCTCTAGAAATCGAAGAATCATCCTTCACAGAAAGTGTGGAGAATTGCCTAACCAAATTAGGCACCCCAAGCATCCCAACCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992574
ATGGAGGAGGAGAAGGTTATTAGGGCTTTGTACCACAAGCACCCTTTAATTCTAAAAGAGAATGTGAGTATGGAAGAGAGAGTAGATTGCTATGGTTGTGGCAATCCCGTAGGTAATTTAGAGAAAGCATATGTATGTATGGAACAACATTGTAGCTCTAGAAATCGAAGAATCATCCTTCACAGAAAGTGTGGAGAATTGCCTAACCAAATTAGGCACCCCAAGCATCCCAACCACCCCATTCACCTATTCGATTTCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057773244.1
MEEEKVIRALYHKHPLILKENVSMEERVDCYGCGNPVGNLEKAYVCMEQHCSSRNRRIILHRKCGELPNQIRHPKHPNHPIHLFDFHQSKWHLCYVCRRDLDNVLGYRCSSCDFDVDITCEKIGIDALLEERKEVQHPSHPEHPLTLMRKPAFAFYCDGCGAQDVDMAYICSTCEYMVHKSCAALPLRRHCHHHHHHLSLAFSFPKKHLKYNYKCEVCDKLLDRTCWVYYCGDCRYFVHIRCLGSSIKPDPNSNIGDEDV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器