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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001398

染色体: Chr07 坐标: 10853275-10859561 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001398
名称SmilChr07G001398
描述uncharacterized SmilChr07G001398
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向10853275 - 10859561 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992589
GeneID130992589
locus_tag-
NCBI NameLOC130992589
原始查询SmilChr07G001398

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述WW domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818702]; symbol=AT2G41020; hit=AT2G41020; species=arabidopsis; confidence=high
产物WW domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818702]; symbol=AT2G41020; hit=AT2G41020; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G41020 (AT2G41020)
WW domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818702]
identity=50.2; qcov=0.942; evalue=6.96e-150; confidence=high
RiceOs01g0916300 (P0004D12.32-2)
-
identity=47; qcov=1.03; evalue=4.53e-138; confidence=high
GOGO:0000380 (alternative mRNA splicing, via spliceosome); GO:0005515 (protein binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0016604 (nuclear body); GO:0043021 (ribonucleoprotein complex binding)
KEGGsmil03040 (Spliceosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00397 (WW)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992589

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057773265.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057773263.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057773263.1
4 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.20000 XP_057773263.1
5 P-body P-body 0.20000 XP_057773263.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:10853727 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr7:10854617 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B96
Chr7:10854837 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C31,C61
Chr7:10856655 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,B100,C13,C38,C48
Chr7:10856852 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C13,C38
Chr7:10857617 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B125,B14,B140,C18,C72
Chr7:10858236 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C67
Chr7:10858300 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773263.1
535 aa
N
1
268
535
WW
WW
C
PF00397 WW 247-277 aa PF00397 WW 305-333 aa
XP_057773264.1
537 aa
N
1
268
537
WW
WW
C
PF00397 WW 249-279 aa PF00397 WW 307-335 aa
XP_057773265.1
518 aa
N
1
259
518
WW
WW
C
PF00397 WW 236-260 aa PF00397 WW 288-316 aa
XP_057773266.1
516 aa
N
1
258
516
WW
WW
C
PF00397 WW 234-258 aa PF00397 WW 286-314 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773263.1 Pfam PF00397 WW Domain 247 277 3.7e-26 91.6 WW domain
XP_057773263.1 Pfam PF00397 WW Domain 305 333 3.7e-26 91.6 WW domain
XP_057773264.1 Pfam PF00397 WW Domain 249 279 3.7e-26 91.5 WW domain
XP_057773264.1 Pfam PF00397 WW Domain 307 335 3.7e-26 91.5 WW domain
XP_057773265.1 Pfam PF00397 WW Domain 236 260 6.6e-22 78.0 WW domain
XP_057773265.1 Pfam PF00397 WW Domain 288 316 6.6e-22 78.0 WW domain
XP_057773266.1 Pfam PF00397 WW Domain 234 258 6.5e-22 78.0 WW domain
XP_057773266.1 Pfam PF00397 WW Domain 286 314 6.5e-22 78.0 WW domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917280.1
TTTATTTAATCGGAAGCATAGAACTCGCCAAACAAGCCCTTGCCCCTTGTCCTTGTGCATCAACCACAATCAGAGTCTTGTACTCTTTGTTTCAAGAGCTGTACGTCCAAGTTGCATTTTTATATCCGAGAGTTTCAAAAATCCACTTTAGCTTCCCAGTAGCAAGCTTCAGAATTCCTCTGTATACAAGCTCATGGGCGACCAGTCCGATGAGCCGCTTCCTCCAGGAGTACAATCTCTGCCGTGTTCATCATTTGATT...
XM_057917283.1
TCGGAAGCATAGAACTCGCCAAACAAGCCCTTGCCCCTTGTCCTTGTGCATCAACCACAATCAGAGTCTTGTACTCTTTGTTTCAAGAGCTGTACGTCCAAGTTGCATTTTTATATCCGAGAGTTTCAAAAATCCACTTTAGCTTCCCAGTAGCAAGCTTCAGAATTCCTCTGTATACAAGCTCATGGGCGACCAGTCCGATGAGCCGCTTCCTCCAGGAGTACAATCTCTGCCGTGTTCATCATTTGATTACGCATCCT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130992589
ATGCTCATGGGCGACCAGTCCGATGAGCCGCTTCCTCCAGGAGTACAATCTCTGCCGTGTTCATCATTTGATTACGCATCCTCCATGCCAGGTTCCAATTCTAGAAGCAGCCTTTTTCCTCTTGGCCTGTCAAATGCACCAAAAGTGGATGCTGGTGAAAAAGCAATTATGCAGCCTCATGAGAATTCCGACAATTCTAGTGTGCAATATGAAAGCTTTAATGATATCGAAGCTGCTGCTCAGACCGCTGTGCTGCATGA...
LOC130992589
ATGCTCATGGGCGACCAGTCCGATGAGCCGCTTCCTCCAGGAGTACAATCTCTGCCGTGTTCATCATTTGATTACGCATCCTCCATGCCAGGTTCCAATTCTAGAAGCAGCCTTTTTCCTCTTGGCCTGTCAAATGCACCAAAAGTGGATGCTGGTGAAAAAGCAATTATGCAGCCTCATGAGAATTCCGACAATTCTAGTGTGCAATATGAAAGCTTTAATGATATCGAAGCTGCTGCTCAGACCGCTGTGCTGCATGA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057773263.1
MGDQSDEPLPPGVQSLPCSSFDYASSMPGSNSRSSLFPLGLSNAPKVDAGEKAIMQPHENSDNSSVQYESFNDIEAAAQTAVLHEQEIATQKIFQSQRGSNNASENLEDNKDILSGRHDPNALKEHLLKMTTIHRTEMASKRGKPTSMEEGNLEIGNGYGVPGGGAYYGAPVHSEKRVIDGMKTSQTNAELNGESGQKSASKDLPEYLKKKLRARGILKDDKSAGYLSESENRLEAQSTHVMTPGNLPPGWIEARDPENG...
XP_057773264.1
MLMGDQSDEPLPPGVQSLPCSSFDYASSMPGSNSRSSLFPLGLSNAPKVDAGEKAIMQPHENSDNSSVQYESFNDIEAAAQTAVLHEQEIATQKIFQSQRGSNNASENLEDNKDILSGRHDPNALKEHLLKMTTIHRTEMASKRGKPTSMEEGNLEIGNGYGVPGGGAYYGAPVHSEKRVIDGMKTSQTNAELNGESGQKSASKDLPEYLKKKLRARGILKDDKSAGYLSESENRLEAQSTHVMTPGNLPPGWIEARDPE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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