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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001406

染色体: Chr07 坐标: 10929836-10935871 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001406
名称SmilChr07G001406
描述SWI/SNF complex subunit SWI3C
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向10929836 - 10935871 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992557
GeneID130992557
locus_tag-
NCBI NameLOC130992557
原始查询SmilChr07G001406

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述SWI/SNF complex subunit SWI3C
产物SWI/SNF complex subunit SWI3C
ArabidopsisAT1G21700 (SWI3C)
SWITCH/sucrose nonfermenting 3C [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838774]
identity=53.2; qcov=0.95; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0183700 (OsSWI3C)
-
identity=44.8; qcov=1.05; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGGsmil03082 (ATP-dependent chromatin remodeling - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00249 (Myb_DNA-binding); PF04433 (SWIRM); PF13921 (Myb_DNA-bind_6); PF16495 (SWIRM-assoc_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992557

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057773216.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773216.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773216.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057773216.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057773216.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:10930358 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123
Chr7:10930362 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C32,C58,C68,C8
Chr7:10930485 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B123
Chr7:10931246 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B118,B36,B91
Chr7:10932090 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A1
Chr7:10932553 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B62,B73
Chr7:10933127 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B121
Chr7:10933139 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B60,C15,C64,C66
Chr7:10933150 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr7:10934899 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B133
Chr7:10934923 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773216.1
766 aa
N
1
383
766
SWIRM
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
SWIRM-assoc_1
C
PF04433 SWIRM 202-281 aa PF00249 Myb_DNA-binding 417-458 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 418-459 aa PF16495 SWIRM-assoc_1 579-650 aa
XP_057773217.1
765 aa
N
1
382
765
SWIRM
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
SWIRM-assoc_1
C
PF04433 SWIRM 201-280 aa PF00249 Myb_DNA-binding 416-457 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 417-458 aa PF16495 SWIRM-assoc_1 578-649 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773216.1 Pfam PF04433 SWIRM Domain 202 281 1.4e-23 83.6 SWIRM domain
XP_057773216.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 417 458 5.1e-11 43.2 Myb-like DNA-binding domain
XP_057773216.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 418 459 2e-08 35.0 Myb-like DNA-binding domain
XP_057773216.1 Pfam PF16495 SWIRM-assoc_1 Family 579 650 3.6e-24 85.3 SWIRM-associated region 1
XP_057773217.1 Pfam PF04433 SWIRM Domain 201 280 1.4e-23 83.6 SWIRM domain
XP_057773217.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 416 457 5.1e-11 43.2 Myb-like DNA-binding domain
XP_057773217.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 417 458 2.1e-08 34.9 Myb-like DNA-binding domain
XP_057773217.1 Pfam PF16495 SWIRM-assoc_1 Family 578 649 3.6e-24 85.3 SWIRM-associated region 1

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917233.1
CAAAAACATTTTCCCCCAAAATAGAAGCTGCTCCACCCCCAAAGCACACTACAGTTTTTAGAGAGAGAAAAACACTACAATTCTTCCCCATTCTCCCCCCTCTCTTTCTCTCTCACGCACCACACACACTTCGCACACCACAATCTCAGCTCTCCACCTCACCAATCACAGAGACCCCACAAATCTCTTGCCCTCTCCTTAAACCTCAAACCCTCCATAAATCTCTCCCCCTAATTTTCTCTTGAGCAATGCCAGCTTCC...
XM_057917234.1
AACATTTTCCCCCAAAATAGAAGCTGCTCCACCCCCAAAGCACACTACAGTTTTTAGAGAGAGAAAAACACTACAATTCTTCCCCATTCTCCCCCCTCTCTTTCTCTCTCACGCACCACACACACTTCGCACACCACAATCTCAGCTCTCCACCTCACCAATCACAGAGACCCCACAAATCTCTTGCCCTCTCCTTAAACCTCAAACCCTCCATAAATCTCTCCCCCTAATTTTCTCTTGAGCAATGCCAGCTTCCTCCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130992557
ATGCCAGCTTCCTCCTCAGCAAGAGCTAGGTGGAGGAAGCGGAAAAGGGATAACTCAGTGGCGCGTAAGTCCAAACTGAAAGAGCACGATGATGACATCCTTGATGATAATGATGACGATGACGACCCAGATCTGGACCCCCCACAGAACCATCTGGAGAGTGAAGATGATCCTCAATTTCGTAGTTCTGATAGGGCAAACCAGATAACAGGAGAGAAAGGGGATGAAAACTTGGTTACTGGTGGACTGAAGTTATGTGA...
LOC130992557
ATGCCAGCTTCCTCCTCAGAAGCAAGAGCTAGGTGGAGGAAGCGGAAAAGGGATAACTCAGTGGCGCGTAAGTCCAAACTGAAAGAGCACGATGATGACATCCTTGATGATAATGATGACGATGACGACCCAGATCTGGACCCCCCACAGAACCATCTGGAGAGTGAAGATGATCCTCAATTTCGTAGTTCTGATAGGGCAAACCAGATAACAGGAGAGAAAGGGGATGAAAACTTGGTTACTGGTGGACTGAAGTTATG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057773216.1
MPASSSEARARWRKRKRDNSVARKSKLKEHDDDILDDNDDDDDPDLDPPQNHLESEDDPQFRSSDRANQITGEKGDENLVTGGLKLCEFPVVIKREINRPHSSVFRIVEYERAARYGDSRGQGQSGVPVLENISYGQLQALSAVPRDNPALLGVPSEETASGSGGGSYVITPPRIVAGSGVTKRLGSAGRVHVVPVHSEWFSPNSVHRLERQVVPHFFSGKSTDHTPEKYMECRNFIVAKYMENPEKHLAVADCQGLVAG...
XP_057773217.1
MPASSSARARWRKRKRDNSVARKSKLKEHDDDILDDNDDDDDPDLDPPQNHLESEDDPQFRSSDRANQITGEKGDENLVTGGLKLCEFPVVIKREINRPHSSVFRIVEYERAARYGDSRGQGQSGVPVLENISYGQLQALSAVPRDNPALLGVPSEETASGSGGGSYVITPPRIVAGSGVTKRLGSAGRVHVVPVHSEWFSPNSVHRLERQVVPHFFSGKSTDHTPEKYMECRNFIVAKYMENPEKHLAVADCQGLVAGM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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