当前解析结果
SmilChr07G001430| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001430 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001430 |
| 描述 | peptidyl-tRNA hydrolase, mitochondrial |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 11106567 - 11110383 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130992670 |
|---|---|
| GeneID | 130992670 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992670 |
| 原始查询 | SmilChr07G001430 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | peptidyl-tRNA hydrolase, mitochondrial |
| 产物 | peptidyl-tRNA hydrolase%2C mitochondrial |
| Arabidopsis | AT5G19830 (AT5G19830)Peptidyl-tRNA hydrolase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832103] identity=71.9; qcov=0.922; evalue=1.13e-89; confidence=high |
| Rice | Os01g0693900- identity=58.5; qcov=0.824; evalue=1.42e-66; confidence=high |
| GO | GO:0004045 (peptidyl-tRNA hydrolase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01195 (Pept_tRNA_hydro) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992670 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057773395.1 |
| 2 | Mitochondrion matrix | 线粒体基质 | 1.00000 | XP_057773395.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057773395.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057773395.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057773395.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:11107084 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B84 |
Chr7:11107084 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B84 |
Chr7:11107567 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C2 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057773395.1PF01195
Pept_tRNA_hydro 24-210 aa
XP_057773396.1PF01195
Pept_tRNA_hydro 24-210 aa
XP_057773397.1PF01195
Pept_tRNA_hydro 24-210 aa
XP_057773398.1PF01195
Pept_tRNA_hydro 24-191 aa
XP_057773399.1PF01195
Pept_tRNA_hydro 24-191 aa
XP_057773400.1PF01195
Pept_tRNA_hydro 24-191 aa
XP_057773401.1PF01195
Pept_tRNA_hydro 24-179 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057773395.1 |
Pfam | PF01195 |
Pept_tRNA_hydro | Domain | 24 | 210 | 8.3e-65 | 218.8 | Peptidyl-tRNA hydrolase |
XP_057773396.1 |
Pfam | PF01195 |
Pept_tRNA_hydro | Domain | 24 | 210 | 8.3e-65 | 218.8 | Peptidyl-tRNA hydrolase |
XP_057773397.1 |
Pfam | PF01195 |
Pept_tRNA_hydro | Domain | 24 | 210 | 8.3e-65 | 218.8 | Peptidyl-tRNA hydrolase |
XP_057773398.1 |
Pfam | PF01195 |
Pept_tRNA_hydro | Domain | 24 | 191 | 2.3e-59 | 201.1 | Peptidyl-tRNA hydrolase |
XP_057773399.1 |
Pfam | PF01195 |
Pept_tRNA_hydro | Domain | 24 | 191 | 2.3e-59 | 201.1 | Peptidyl-tRNA hydrolase |
XP_057773400.1 |
Pfam | PF01195 |
Pept_tRNA_hydro | Domain | 24 | 191 | 2.3e-59 | 201.1 | Peptidyl-tRNA hydrolase |
XP_057773401.1 |
Pfam | PF01195 |
Pept_tRNA_hydro | Domain | 24 | 179 | 1.2e-58 | 198.8 | Peptidyl-tRNA hydrolase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
10 records
下载 cDNA FASTA7 records
下载 CDS FASTA7 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。