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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001432

染色体: Chr07 坐标: 11123528-11130830 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001432
名称SmilChr07G001432
描述uncharacterized SmilChr07G001432
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向11123528 - 11130830 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992544
GeneID130992544
locus_tag-
NCBI NameLOC130992544
原始查询SmilChr07G001432

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832102]; symbol=emb2734; hit=AT5G19820; species=arabidopsis; confidence=high
产物ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832102]; symbol=emb2734; hit=AT5G19820; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G19820 (emb2734)
ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832102]
identity=80.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0575100 (OJ1562_B11.122)
-
identity=75; qcov=0.977; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006606 (protein import into nucleus); GO:0008139 (nuclear localization sequence binding); GO:0031267 (small GTPase binding); GO:0061608 (nuclear import signal receptor activity)
KEGGsmil03013 (Nucleocytoplasmic transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF02985 (HEAT); PF13513 (HEAT_EZ); PF18808 (Importin_rep_4); PF18829 (Importin_rep_6); PF25574 (TPR_IMB1); PF25780 (TPR_IPO5)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992544

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057773199.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057773199.1
3 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057773199.1
4 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057773199.1
5 Nucleus membrane 核膜 0.40000 XP_057773199.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:11123868 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B12,B55
Chr7:11123998 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr7:11124007 TAA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B50
Chr7:11124007 TAA T 2bp_deletion CDS_variant 1 B50
Chr7:11124028 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B12,B55
Chr7:11124482 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B69,C61
Chr7:11125361 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B36,C45,C7
Chr7:11125958 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A1
Chr7:11125988 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A5,C32,C58,C68,C8
Chr7:11126077 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr7:11126106 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7
Chr7:11126535 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C30

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773199.1
1116 aa
N
1
558
1116
TPR_IPO5
Importin_rep_4
HEAT_EZ
HEAT
HEAT_EZ
TPR_IMB1
Importin_rep_6
HEAT
C
PF25780 TPR_IPO5 117-274 aa PF18808 Importin_rep_4 285-376 aa PF13513 HEAT_EZ 391-445 aa PF02985 HEAT 419-447 aa PF13513 HEAT_EZ 475-529 aa PF25574 TPR_IMB1 477-646 aa PF18829 Importin_rep_6 785-887 aa PF02985 HEAT 925-952 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773199.1 Pfam PF25780 TPR_IPO5 Repeat 117 274 2.5e-49 168.4 IPO5-like, TPR repeats
XP_057773199.1 Pfam PF18808 Importin_rep_4 Repeat 285 376 2.1e-22 80.0 Importin repeat
XP_057773199.1 Pfam PF13513 HEAT_EZ Repeat 391 445 4.1e-35 120.3 HEAT-like repeat
XP_057773199.1 Pfam PF02985 HEAT Repeat 419 447 2.1e-22 77.8 HEAT repeat
XP_057773199.1 Pfam PF13513 HEAT_EZ Repeat 475 529 4.1e-35 120.3 HEAT-like repeat
XP_057773199.1 Pfam PF25574 TPR_IMB1 Repeat 477 646 1.2e-25 90.8 Importin subunit beta-1-like, TPR repeats
XP_057773199.1 Pfam PF18829 Importin_rep_6 Repeat 785 887 2.4e-22 80.1 Importin repeat 6
XP_057773199.1 Pfam PF02985 HEAT Repeat 925 952 2.1e-22 77.8 HEAT repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917216.1
CGCACCTTCACTGCGTGTGCCGCTGTGTGAGAGAGAGGGAGAGACGCTTACTCACGTATATAATCTAGAGAGAGGGAGGGGGAGACAGGCGATAGCAGAGCGCCAGCCACCTCACACAAAAACAGCGCATTCAAAAACCCTAGAGAATTATCGCGGCGACTCGGGAGGATGGACGCCGAGTCGACTCAGGTTCAGCAGGCGCAATTGGCGGCGATTCTGGGGCCGGACCCGGCGCCGTTCGAAACCCTGATTTCCCATCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992544
ATGGACGCCGAGTCGACTCAGGTTCAGCAGGCGCAATTGGCGGCGATTCTGGGGCCGGACCCGGCGCCGTTCGAAACCCTGATTTCCCATCTGATGTCATCCTCCAACGAGCAGCGATCCCAGGCCGAGTCAATCTTCAATTTGATCAAGCAGAACGATCCGAACTCGCTCGCGCTCAAGCTCGGCCACCTCATCTCCTCGTCCGTGCACCAGGAGGCGCGCGCCATGGCGGCGATTCTCCTGCGGAAGCAGCTGACTCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773199.1
MDAESTQVQQAQLAAILGPDPAPFETLISHLMSSSNEQRSQAESIFNLIKQNDPNSLALKLGHLISSSVHQEARAMAAILLRKQLTRDDAYIWPNLSESTRSTVKNVLLSSLQSEESKSIIKKLCDTISELASSLVPENQWPEILPFMFQCVTSSAPKLQESAFLMFSQLAQFIGETLIPYITDLHTVFLNVLNNSPNPDVKIAALSAVINFIQCLTSSNDRDRFQDLLPAMMRTLTESLNSGQEATAQEALELLIELAG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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