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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001443

染色体: Chr07 坐标: 11222022-11226567 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001443
名称SmilChr07G001443
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g06143
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向11222022 - 11226567 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992579
GeneID130992579
locus_tag-
NCBI NameLOC130992579
原始查询SmilChr07G001443

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g06143
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g06143
ArabidopsisAT1G06143 (AT1G06143)
basic helix loop helix DNA-binding superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28716441]
identity=51.8; qcov=0.957; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0168550 (OSJNBa0091P11.28)
-
identity=36.5; qcov=0.932; evalue=8.49e-114; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992579

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057773251.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773251.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773251.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773251.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057773251.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:11222432 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B36,B55
Chr7:11222499 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr7:11222555 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B126
Chr7:11222647 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B55
Chr7:11222750 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B118,C25
Chr7:11222802 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B21,C26,D10
Chr7:11222808 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B109,C11,C69,C75
Chr7:11222888 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,B118,C25
Chr7:11222949 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr7:11223148 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B68,C82
Chr7:11223329 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C14,C73
Chr7:11223510 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,B118,C25

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773251.1
561 aa
N
1
280
561
PPR
PPR
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR
PPR
PPR_3
PPR
E_motif
PPR
C
PF01535 PPR 147-172 aa PF01535 PPR 176-204 aa PF01535 PPR 209-235 aa PF12854 PPR_1 232-263 aa PF13041 PPR_2 234-283 aa PF01535 PPR 237-264 aa PF23276 TPR_24 240-329 aa PF01535 PPR 310-336 aa PF01535 PPR 339-367 aa PF13812 PPR_3 340-382 aa PF01535 PPR 410-435 aa PF20431 E_motif 453-516 aa PF01535 PPR 477-505 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773251.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 147 172 3.3e-55 181.3 PPR repeat
XP_057773251.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 176 204 3.3e-55 181.3 PPR repeat
XP_057773251.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 209 235 3.3e-55 181.3 PPR repeat
XP_057773251.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 232 263 1.2e-35 121.7 PPR repeat
XP_057773251.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 234 283 2e-54 182.2 PPR repeat family
XP_057773251.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 237 264 3.3e-55 181.3 PPR repeat
XP_057773251.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 240 329 1.6e-15 57.9 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057773251.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 310 336 3.3e-55 181.3 PPR repeat
XP_057773251.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 339 367 3.3e-55 181.3 PPR repeat
XP_057773251.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 340 382 2e-16 60.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057773251.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 410 435 3.3e-55 181.3 PPR repeat
XP_057773251.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 453 516 2.5e-21 76.4 E motif
XP_057773251.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 477 505 3.3e-55 181.3 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917268.1
AATATCATCGCCCAAAAAAATTATGGACGAAAAAGAAAGGGAACAAAACAACAGAACCACAAATCGCTGTTGAGCAAATGAGAGGATAAACCATGCAGAGGCGGAGAGACCGCAGCAGAGCAAGACACAAAGAGAAATGGCGGCGGCGGCGGCACTGTAGCCGTTGAGACTGAAGCTGTGGATACAATTCCCAAAGAAAATACAAGTGAAGAAAATGAAGGGAAATGGAAAGCAATATGATATAAGTATATGTTTGTAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992579
ATGGAATTATGGAACGCAGGACTCGCGCTGAGACATGCTGGCCACCACTTGAAACGATGCTCGACTCCCAACCAACTCCAATCATGGTATGCTTTGCTGCTCAAAACCAACACCGCCCAAGATTGCTTCTTGATCAATCAGTACATCACTGCTTGTTCCAACCACCGCACCATAGATTCCGCCATTCTCGCCTTCTCCCACTTGGAAAACCCCAACGTATTCGTTTACAACGCCCTTATCGGGGCATTTCTCACTTGCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773251.1
MELWNAGLALRHAGHHLKRCSTPNQLQSWYALLLKTNTAQDCFLINQYITACSNHRTIDSAILAFSHLENPNVFVYNALIGAFLTCFRPLQGLRYYVLMLRNAVPPTSYTFPPVIKSCRVLRFVGFGECVHAQVLRNGLGLHLHLQTAMVDFYSSLGMVVEARKVFEEMPERDGFAWSTMISTHVRAGDLDSARRVFDQMPQKNTAASNTMIHGYAEAGDVNSAEALFRTLLERDVVSWTTMINCYCKRELYLEALELFE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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