Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001449`

染色体: Chr07 坐标: 11261776-11264240 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001449`
名称	SmilChr07G001449
描述	uncharacterized SmilChr07G001449
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	11261776 - 11264240 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992654`
GeneID	`130992654`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992654`
原始查询	`SmilChr07G001449`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	antitermination NusB domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828743]; symbol=AT4G26370; hit=AT4G26370; species=arabidopsis; confidence=high
产物	antitermination NusB domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828743]; symbol=AT4G26370; hit=AT4G26370; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT4G26370` (AT4G26370) antitermination NusB domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828743] identity=72.1; qcov=0.759; evalue=1.54e-102; confidence=high
Rice	`Os03g0656900` (NUS1) - identity=59.2; qcov=0.752; evalue=1.45e-88; confidence=high
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:0006353 (DNA-templated transcription termination); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0009507 (chloroplast)
KEGG	-
Pfam	PF01029 (NusB)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992654

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057773374.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.40000	`XP_057773374.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057773374.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057773374.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057773374.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:11261887`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	20	A7,B136,B27,B30,B57,B65,B68,B69,B7,B76,B99,C14,C2,C3,C33,C42,C44,C50,C58,C61
`Chr7:11262002`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B2,B33,B91
`Chr7:11262015`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B106,B108,B13,B53
`Chr7:11262022`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr7:11262076`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B57,B65,B69,C33,C61
`Chr7:11262196`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68
`Chr7:11262222`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68
`Chr7:11262241`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B106,B13,B53
`Chr7:11262356`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B106,B108,B13,B53
`Chr7:11262388`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B69
`Chr7:11263554`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B67
`Chr7:11263554`	`CT`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773374.1

274 aa

137

274

NusB

PF01029 NusB 174-261 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057773374.1`	Pfam	`PF01029`	NusB	Domain	174	261	1.1e-10	42.7	NusB family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917391.1
CCTTATTCTTCCGAATTCTTGGTGGTCTTATCTTAATTCACTCCTTCCTTGCTTTCTTGGAGCAGAGAGAGTGATGGAGGCAGGGTCTATTCTGAGCTCCTCCTTCAACCCTCCTAAAACCCTACTCACTTTCATTTGCAAACCCTCATCCGCTCGTTTTCCCCACCCCCACGGACGTCGCGAGCTGCTGCTTCCTTGCGCCACTCTCCCTCTCATAATTGATAATCCAATTGGGACTTCCGCTTCCAACTATAAAGATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992654
ATGGAGGCAGGGTCTATTCTGAGCTCCTCCTTCAACCCTCCTAAAACCCTACTCACTTTCATTTGCAAACCCTCATCCGCTCGTTTTCCCCACCCCCACGGACGTCGCGAGCTGCTGCTTCCTTGCGCCACTCTCCCTCTCATAATTGATAATCCAATTGGGACTTCCGCTTCCAACTATAAAGATACCATTCCCAGAATTGACAAGAGTGGCAAATTTTGTAGCCCCAGAGCTGCCCGCGAGCTCGCTCTGATGACTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057773374.1
MEAGSILSSSFNPPKTLLTFICKPSSARFPHPHGRRELLLPCATLPLIIDNPIGTSASNYKDTIPRIDKSGKFCSPRAARELALMTLYAAFLEGSDPVRLFEKRLNARKEIGYEFDRACLMEYDHMSFGGPPVATQTIEEADGILRNYQKESHIEAEVLSAPPKLVYSKLILLFTRKLLAAVSENWESSVVAIGKVAPDNWKNEPASRILEFSILHLAMSEIAVLGTRHQIVINEAVDLAKRFCDGSAPRVVNGCLRTFL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器