Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001454`

染色体: Chr07 坐标: 11331004-11332528 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001454`
名称	SmilChr07G001454
描述	pyrophosphate-energized vacuolar membrane proton pump-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	11331004 - 11332528 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992687`
GeneID	`130992687`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992687`
原始查询	`SmilChr07G001454`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pyrophosphate-energized vacuolar membrane proton pump-like
产物	pyrophosphate-energized vacuolar membrane proton pump-like
Arabidopsis	`AT3G52610` (AT3G52610) GATA zinc finger protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824427] identity=52.6; qcov=0.679; evalue=3.06e-07; confidence=low
Rice	`Os06g0644200` (OVP1) - identity=34.1; qcov=1.05; evalue=1.72e-07; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992687

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	0.80000	`XP_057773421.1`
2	Secreted	分泌到胞外	0.40000	`XP_057773422.1`
3	Mitochondrion	线粒体	0.20000	`XP_057773421.1`
4	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057773422.1`
5	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.20000	`XP_057773421.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:11332065`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B7,C29
`Chr7:11332086`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B66,C30,C50
`Chr7:11332089`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B38,B56,C55,C61
`Chr7:11332094`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B48,B66
`Chr7:11332099`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B38,C38,C59,C76
`Chr7:11332126`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B22,C18,C73,C76
`Chr7:11332173`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B127,B128,B37,C1
`Chr7:11332176`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B37,B71
`Chr7:11332214`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B83,C86
`Chr7:11332252`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B1,B17,C45
`Chr7:11332338`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA

XR_009091319.1
TGATCTTGTTGGAAAGGTTGAAAGAAACATCCCTGAAGATGACCCTAGAAATCCTATTGTAAGATATCTGCTATGCTTTTTGGTTGATATCTCTGTTTTGAAGTTAATTCTAGTCACATTTTGCAGGTCATTGCTGACAATGTTGGTGATAATGTCGGAGATATTGCTGGAATGGGATCTGATCTTTTTGGTTCATATGCCGAATCCTCTTGTGCTGCTCTTGTTATCGTACTAACTTATTTTGATCTACCATCCCATAA...

XR_009091318.1
TGATCTTGTTGGAAAGGTTGAAAGAAACATCCCTGAAGATGACCCTAGAAATCCTATTGTAAGATATCTGCTATGCTTTTTGGTTGATATCTCTGTTTTGAAGTTAATTCTAGTCACATTTTGCAGGTCATTGCTGACAATGTTGGTGATAATGTCGGAGATATTGCTGGAATGGGATCTGATCTTTTTGGTTCATATGCCGAATCCTCTTGTGCTGCTCTTGTTATCGTACTAACTTATTTTGATCTACCATCCCATAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130992687
ATGGGATCTGATCTTTTTGGTTCATATGCCGAATCCTCTTGTGCTGCTCTTGTTATCCGTTGCAACTCTAATAAGATAAAGTTCAGTGCAGTTTTAGCAGCAGCCGGATTAATTGCTTGTCATGCCTCAAAAAGGTTCCCTGATGAACAGTGGGAGAAGTATGCAGTTGTAACTCTCATGGATTGCCGGTCTGCTCTTGATCCCGTGCTTAGCAGCCATCATATCTCTGCTTCACTGATTAAGAATGATTTTTGA

LOC130992687
ATGGGATCTGATCTTTTTGGTTCATATGCCGAATCCTCTTGTGCTGCTCTTGTTATCGTACTAACTTATTTTGATCTACCATCCCATAACAACTATTTCTGCTTACTGATTTCAGTTTTGGCATTACTTTGGCAGCGTTGCAACTCTAATAAGATAAAGTTCAGTGCAGTTTTAGCAGCAGCCGGATTAATTGCTTGTCATGCCTCAAAAAGGTTCCCTGATGAACAGTGGGAGAAGTATGCAGTTGTAACTCTCATGGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057773421.1
MGSDLFGSYAESSCAALVIVLTYFDLPSHNNYFCLLISVLALLWQRCNSNKIKFSAVLAAAGLIACHASKRFPDEQWEKYAVVTLMDCRSALDPVLSSHHISASLIKNDF

XP_057773422.1
MGSDLFGSYAESSCAALVIRCNSNKIKFSAVLAAAGLIACHASKRFPDEQWEKYAVVTLMDCRSALDPVLSSHHISASLIKNDF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器