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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001457

染色体: Chr07 坐标: 11417731-11420881 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001457
名称SmilChr07G001457
描述ribosome production factor 2 homolog
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向11417731 - 11420881 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992644
GeneID130992644
locus_tag-
NCBI NameLOC130992644
原始查询SmilChr07G001457

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ribosome production factor 2 homolog
产物ribosome production factor 2 homolog
ArabidopsisAT3G23620 (AT3G23620)
Ribosomal RNA processing Brix domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821942]
identity=67.8; qcov=1; evalue=4.12e-154; confidence=high
RiceOs01g0513800
-
identity=70.4; qcov=0.991; evalue=1.03e-162; confidence=high
GOGO:0000027 (ribosomal large subunit assembly); GO:0000463 (maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA)); GO:0005730 (nucleolus); GO:0019843 (rRNA binding)
KEGG-
PfamPF04427 (Brix)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992644

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057773350.1
2 Nucleolus 核仁 1.00000 XP_057773350.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773350.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773350.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057773350.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:11417975 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,B13,C13,C61
Chr7:11418583 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A6,B61,C77
Chr7:11418744 ACG A 2bp_deletion frameshift_variant 8 A6,B122,B131,B15,C32,C68,C82,C87
Chr7:11418771 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B5,C19,C47
Chr7:11418799 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B90,B92,C73
Chr7:11418801 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B35,B69,C71
Chr7:11418802 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,B130,B75,C26
Chr7:11418818 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 107 A1,A11,A14,A18,A2,A21,A22,A23,A24,A3,A5,A9,B105,B109,B11,B114,B118,B12,B121,B126,B128,B129,B130,B137,B139,B14,B16,B17,B20,B24,B25,B26,B30,B33,B36,B37,B38,B40,B45,B46,B47,B49,B5,B50,B53,B55,B56,B57,B58,B6,B60,B61,B67,B69,B71,B72,B75,B78,B8,B83,B86,B89,B90,B92,B94,B96,B98,B99,C1,C16,C18,C19,C20,C24,C25,C26,C27,C31,C34,C36,C4,C40,C46,C47,C48,C5,C52,C53,C56,C57,C62,C65,C67,C70,C71,C72,C73,C75,C78,C79,C80,C81,D10,D11,D2,D3,D6
Chr7:11418835 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B26,B38,C40,C46
Chr7:11419044 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr7:11419056 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr7:11419094 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 2 B124,B129

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773350.1
317 aa
N
1
158
317
Brix
C
PF04427 Brix 35-231 aa
XP_057773351.1
317 aa
N
1
158
317
Brix
C
PF04427 Brix 35-231 aa
XP_057773352.1
317 aa
N
1
158
317
Brix
C
PF04427 Brix 35-231 aa
XP_057773353.1
317 aa
N
1
158
317
Brix
C
PF04427 Brix 35-231 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773350.1 Pfam PF04427 Brix Domain 35 231 3.4e-43 148.6 Brix domain
XP_057773351.1 Pfam PF04427 Brix Domain 35 231 3.4e-43 148.6 Brix domain
XP_057773352.1 Pfam PF04427 Brix Domain 35 231 3.4e-43 148.6 Brix domain
XP_057773353.1 Pfam PF04427 Brix Domain 35 231 3.4e-43 148.6 Brix domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917368.1
TAAAACCTCTTAACTTAATATAAATAATGGAGTAAATATTAGTAATAATAAAAAGACTATATCTCTTTATTAGGTTTACAGACATCACGCAAAGCGCCGCCTTCACCTCTAATCCCTATTTCTTCCTATTCTCACGCTACCAGCTCAGCTCGTCTGCAATCTCTCTCTGTTTTCCGCCGCTCGTCGCCCCCTGCGGCCCACGCCGCTCGCCTCGAAATCTCTACAGCAACAGCCTGCGCCGTGCTCCGCCTCACTGTGCA...
XM_057917370.1
TAAAACCTCTTAACTTAATATAAATAATGGAGTAAATATTAGTAATAATAAAAAGACTATATCTCTTTATTAGGTTTACAGACATCACGCAAAGCGCCGCCTTCACCTCTAATCCCTATTTCTTCCTATTCTCACGCTACCAGCTCAGCTCGTCTGCAATCTCTCTCTGTTTTCCGCCGCTCGTCGCCCCCTGCGGCCCACGCCGCTCGCCTCGAAATCTCTACAGCAACAGCCTGCGCCGTGCTCCGCCTCACTGTGCA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130992644
ATGATGAGGATAAAGACCCCGAAAAGTGGCAGAATCAAGAGAGAGCTTGAAAAACGCGCCCCGAAACTCGTGGAAACGGGGAAGAAAACGCTCATACTTCACGGAACTAAAACGACCAGTGTTTTGAATTCAGTGTTAGCAGAAATTCATCATCTGAAGAAGGATAATTCTATCAAGTACTCTAGAAGAAATGATAAAATTAGACCTTTTGAGAGTGGCGGTGAAACTTCTCTGGAGTTTTTCTCGCTCAAGACAGATTG...
LOC130992644
ATGATGAGGATAAAGACCCCGAAAAGTGGCAGAATCAAGAGAGAGCTTGAAAAACGCGCCCCGAAACTCGTGGAAACGGGGAAGAAAACGCTCATACTTCACGGAACTAAAACGACCAGTGTTTTGAATTCAGTGTTAGCAGAAATTCATCATCTGAAGAAGGATAATTCTATCAAGTACTCTAGAAGAAATGATAAAATTAGACCTTTTGAGAGTGGCGGTGAAACTTCTCTGGAGTTTTTCTCGCTCAAGACAGATTG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057773350.1
MMRIKTPKSGRIKRELEKRAPKLVETGKKTLILHGTKTTSVLNSVLAEIHHLKKDNSIKYSRRNDKIRPFESGGETSLEFFSLKTDCSLFVFASHTKKRPNNLVLGRFYDHHIYDLVEVGIENFRSMGSFSYDKKLAPQLGSKPFFAFIGEAFESVDELKHLKEVLLDLFRGEVITNLNLAGLDRVYVCTALSANRIFFSHFALRLKKSGTKVPRMELVEVGPSMDMVIRRHRQPDDSLRKEAMKMAPESTKKKEKNVVK...
XP_057773351.1
MMRIKTPKSGRIKRELEKRAPKLVETGKKTLILHGTKTTSVLNSVLAEIHHLKKDNSIKYSRRNDKIRPFESGGETSLEFFSLKTDCSLFVFASHTKKRPNNLVLGRFYDHHIYDLVEVGIENFRSMGSFSYDKKLAPQLGSKPFFAFIGEAFESVDELKHLKEVLLDLFRGEVITNLNLAGLDRVYVCTALSANRIFFSHFALRLKKSGTKVPRMELVEVGPSMDMVIRRHRQPDDSLRKEAMKMAPESTKKKEKNVVK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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