Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001461

染色体: Chr07 坐标: 11438914-11443460 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001461
名称SmilChr07G001461
描述leucine-rich repeat receptor protein kinase MSP1-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向11438914 - 11443460 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992542
GeneID130992542
locus_tag-
NCBI NameLOC130992542
原始查询SmilChr07G001461

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述leucine-rich repeat receptor protein kinase MSP1-like
产物leucine-rich repeat receptor protein kinase MSP1-like
ArabidopsisAT5G07280 (EMS1)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830619]
identity=44.4; qcov=0.917; evalue=0; confidence=medium
RiceOs01g0917500 (MSP1)
-
identity=50.5; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0009755 (hormone-mediated signaling pathway)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992542

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057773196.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773196.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773196.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773196.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057773196.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:11439671 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,B65,C58
Chr7:11439720 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B118,B34,B38,B39,C77
Chr7:11440027 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A13,B22
Chr7:11440141 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B61,B8,C5,C64,C66
Chr7:11440147 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,B132,C49
Chr7:11440178 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B133
Chr7:11440277 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr7:11440541 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:11440930 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:11440944 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C3,D1
Chr7:11441135 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7
Chr7:11441629 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,B87,C5,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773196.1
1238 aa
N
1
619
1238
LRRNT_2
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 24-62 aa PF23598 LRR_14 89-173 aa PF00560 LRR_1 93-115 aa PF00560 LRR_1 117-138 aa PF00560 LRR_1 141-163 aa PF00560 LRR_1 165-187 aa PF00560 LRR_1 191-211 aa PF00560 LRR_1 237-259 aa PF13855 LRR_8 237-296 aa PF00560 LRR_1 262-283 aa PF00560 LRR_1 285-307 aa PF00560 LRR_1 333-355 aa PF00560 LRR_1 428-450 aa PF00560 LRR_1 452-474 aa PF00560 LRR_1 524-545 aa PF00560 LRR_1 547-568 aa PF00560 LRR_1 571-593 aa PF00560 LRR_1 635-653 aa PF13855 LRR_8 635-690 aa PF00560 LRR_1 703-722 aa PF13855 LRR_8 703-763 aa PF00560 LRR_1 728-747 aa PF00560 LRR_1 801-821 aa PF00560 LRR_1 823-843 aa PF00069 Pkinase 963-1236 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 965-1230 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773196.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 24 62 9.8e-08 32.9 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057773196.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 89 173 2.2e-42 145.8 Leucine-rich repeat region
XP_057773196.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 93 115 1.5e-69 215.4 Leucine Rich Repeat
XP_057773196.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 117 138 1.5e-69 215.4 Leucine Rich Repeat
XP_057773196.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 141 163 1.5e-69 215.4 Leucine Rich Repeat
XP_057773196.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 165 187 1.5e-69 215.4 Leucine Rich Repeat
XP_057773196.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 191 211 1.5e-69 215.4 Leucine Rich Repeat
XP_057773196.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 237 259 1.5e-69 215.4 Leucine Rich Repeat
XP_057773196.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 237 296 1.3e-53 179.3 Leucine rich repeat
XP_057773196.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 262 283 1.5e-69 215.4 Leucine Rich Repeat
XP_057773196.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 285 307 1.5e-69 215.4 Leucine Rich Repeat
XP_057773196.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 333 355 1.5e-69 215.4 Leucine Rich Repeat
XP_057773196.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 428 450 1.5e-69 215.4 Leucine Rich Repeat
XP_057773196.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 452 474 1.5e-69 215.4 Leucine Rich Repeat
XP_057773196.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 524 545 1.5e-69 215.4 Leucine Rich Repeat
XP_057773196.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 547 568 1.5e-69 215.4 Leucine Rich Repeat
XP_057773196.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 571 593 1.5e-69 215.4 Leucine Rich Repeat
XP_057773196.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 635 653 1.5e-69 215.4 Leucine Rich Repeat
XP_057773196.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 635 690 1.3e-53 179.3 Leucine rich repeat
XP_057773196.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 703 722 1.5e-69 215.4 Leucine Rich Repeat
XP_057773196.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 703 763 1.3e-53 179.3 Leucine rich repeat
XP_057773196.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 728 747 1.5e-69 215.4 Leucine Rich Repeat
XP_057773196.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 801 821 1.5e-69 215.4 Leucine Rich Repeat
XP_057773196.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 823 843 1.5e-69 215.4 Leucine Rich Repeat
XP_057773196.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 963 1236 3.3e-42 145.4 Protein kinase domain
XP_057773196.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 965 1230 5.8e-41 141.2 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917213.1
ACCTTCCCCAAATTACATTTAGCTTTTCTTTTTAATTATCAACAACGCAACGCATTCTTTCATCACTTCCAACATCCCGAGCTCCTATTCTCCGCAACAAAGTATGAGTGGGCTACACCTACATGGTTGGAAACTTGTCATCATCGTGCTCCTCACCTTCTCGCATCTTGTATCAACGGATTCGCACTTGTTGAAGGCTCTTCGAGACTCAATAATCACATACCAAAGCGACAGCTGGTTCGGTTCAGACAGCACCCGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992542
ATGAGTGGGCTACACCTACATGGTTGGAAACTTGTCATCATCGTGCTCCTCACCTTCTCGCATCTTGTATCAACGGATTCGCACTTGTTGAAGGCTCTTCGAGACTCAATAATCACATACCAAAGCGACAGCTGGTTCGGTTCAGACAGCACCCGGCCTTGCAACTGGACCGGAGTAACATGCGACCAGACTCTCACGGTTACCCACCTGCATCTCTCATCATGCTCCCTCTCTCCTCTCAACATCCCATTCCCGCTCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773196.1
MSGLHLHGWKLVIIVLLTFSHLVSTDSHLLKALRDSIITYQSDSWFGSDSTRPCNWTGVTCDQTLTVTHLHLSSCSLSPLNIPFPLLIAHFKSLLHLNLSRCGFTGQIPPEFWDLEKLQVLDLSSNTLSGAIPPSIGEMKQLRHLILDDNLFSDSLPSSIGNLLQLEELSLRSNSFSGILPRQLGNLRLMQSLDISNNTFYGNLPAALGNLTNLSFFTARNNMFSGDLFHEIGNLKRLQILDLSWNPITGAIPSVIGDLE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器