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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001462`

染色体: Chr07 坐标: 11456866-11460124 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001462`
名称	SmilChr07G001462
描述	uncharacterized SmilChr07G001462
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	11456866 - 11460124 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993813`
GeneID	`130993813`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993813`
原始查询	`SmilChr07G001462`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`AT4G05360` (AT4G05360) Zinc knuckle (CCHC-type) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825884] identity=25.7; qcov=0.386; evalue=2.24e-18; confidence=low
Rice	`Os08g0125300` - identity=26.2; qcov=0.259; evalue=5.11e-20; confidence=weak
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF14223 (Retrotran_gag_2); PF22936 (Pol_BBD)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993813

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057774833.1`
2	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057774833.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057774833.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057774833.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057774833.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:11457828`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B51,C37
`Chr7:11457829`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B26,B93
`Chr7:11457829`	`C`	`CA`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B26,B93
`Chr7:11457839`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B26,B93
`Chr7:11457839`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B26,B93
`Chr7:11457861`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	67	A10,A2,A23,B101,B102,B105,B107,B108,B11,B114,B117,B118,B123,B126,B13,B132,B136,B15,B17,B18,B19,B20,B24,B25,B32,B33,B38,B47,B48,B57,B61,B62,B68,B7,B70,B80,B85,B9,B90,B98,C10,C11,C14,C15,C17,C19,C20,C26,C28,C30,C32,C33,C35,C36,C45,C46,C60,C63,C75,C8,C81,C85,C87,D3,D4,D8,D9
`Chr7:11457864`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B49,B76,C41,C45,C73
`Chr7:11457883`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B16,B82
`Chr7:11457884`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A18,B4,B73
`Chr7:11457887`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A10,B127,B54
`Chr7:11457900`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B63,C25
`Chr7:11457914`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B69,B80,B9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774833.1

827 aa

414

827

Retrotran_gag_2

Pol_BBD

PF14223 Retrotran_gag_2 150-302 aa PF22936 Pol_BBD 694-766 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774833.1`	Pfam	`PF14223`	Retrotran_gag_2	Domain	150	302	7.1e-29	101.4	gag-polypeptide of LTR copia-type
`XP_057774833.1`	Pfam	`PF22936`	Pol_BBD	Domain	694	766	1e-16	61.7	Pol polyprotein, beta-barrel domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918850.1
ATGGAGGTGTTTGCTCTTATATCCATGTGTGCTACCGCAAAAGAGGCGTGGGATGTGCTGATGAGTACGTATGAAGGAAATTCTAAAGTCAAGAAACAACGTCTTCAACAATTAGCCACCAGATTTATATACTCTAAGGTGAAGGTTTGGGAAGAAATAGAGGATAGGAAGATCGAGTCTTCGCGTAGCGGGATCACCCAAGTTATCGGTGTTGATTCCTGGTGTATCTATCCTGTTCTTTCCGCTGCTGTGTTCGTGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993813
ATGGAGGTGTTTGCTCTTATATCCATGTGTGCTACCGCAAAAGAGGCGTGGGATGTGCTGATGAGTACGTATGAAGGAAATTCTAAAGTCAAGAAACAACGTCTTCAACAATTAGCCACCAGATTTATATACTCTAAGGTGAAGGTTTGGGAAGAAATAGAGGATAGGAAGATCGAGTCTTCGCGTAGCGGGATCACCCAAGTTATCGGTGTTGATTCCTGGTGTATCTATCCTGTTCTTTCCGCTGCTGTGTTCGTGTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057774833.1
MEVFALISMCATAKEAWDVLMSTYEGNSKVKKQRLQQLATRFIYSKVKVWEEIEDRKIESSRSGITQVIGVDSWCIYPVLSAAVFVCLMALQREGGSVVRPPLLDGSNYIYWKMRMTSFIRAVDENAWTSVEEGWTVPCDEEGKPKPRIRWTFNELAASNANKKALNSIQNAVTMEVFALISMCATAKEAWDVLMSTYEGNSKVKKQRLQQLATRFEELKMDENETISIFHGKILAIANESFSLGEKISEEKLVRKVMRA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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