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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001479

染色体: Chr07 坐标: 11643174-11647294 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001479
名称SmilChr07G001479
描述uncharacterized SmilChr07G001479
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向11643174 - 11647294 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993815
GeneID130993815
locus_tag-
NCBI NameLOC130993815
原始查询SmilChr07G001479

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826484]; symbol=AT4G09060; hit=AT4G09060; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826484]; symbol=AT4G09060; hit=AT4G09060; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT4G09060 (AT4G09060)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826484]
identity=38.9; qcov=0.99; evalue=9.97e-76; confidence=medium
RiceOs02g0831400 (SIP16)
-
identity=40.2; qcov=0.289; evalue=3.5e-12; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993815

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057774835.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057774835.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774835.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774835.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057774835.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:11643407 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,B81
Chr7:11643635 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C57
Chr7:11643669 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D10,D11
Chr7:11643787 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B135,B8
Chr7:11643833 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 82 A10,A15,A25,B100,B102,B105,B106,B107,B111,B112,B113,B115,B119,B121,B123,B128,B129,B13,B131,B137,B14,B15,B20,B24,B3,B33,B35,B36,B37,B4,B41,B42,B43,B44,B45,B48,B49,B51,B54,B62,B66,B67,B68,B75,B79,B8,B80,B86,B91,B93,B94,C10,C15,C18,C19,C20,C23,C27,C30,C31,C33,C34,C35,C36,C38,C39,C40,C42,C44,C45,C46,C49,C51,C53,C61,C7,C81,C82,C85,D3,D7,D9
Chr7:11645462 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 60 A10,B100,B102,B105,B107,B111,B112,B113,B115,B123,B128,B13,B131,B14,B15,B20,B3,B33,B35,B36,B37,B4,B41,B42,B43,B44,B45,B48,B49,B66,B67,B68,B79,B8,B86,B91,B93,C10,C15,C2,C20,C23,C27,C31,C33,C34,C35,C36,C38,C39,C42,C49,C51,C53,C61,C7,C82,D11,D3,D7
Chr7:11645483 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B117
Chr7:11645510 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 9 A4,B12,B21,B27,B36,B55,B88,C2,C26
Chr7:11645545 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 35 A18,A5,A8,B103,B11,B122,B127,B13,B136,B17,B2,B35,B47,B56,B6,B63,B70,B78,B81,B83,B96,B99,C21,C22,C25,C3,C39,C40,C48,C55,C56,C58,C62,C67,C70
Chr7:11645555 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr7:11645633 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:11646346 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B117

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918852.1
TTTGAAAGACTTCAAACGGCTAGTTTGAGAAACAAATCCCTCCCATTTCAAATTCTCCGACTTCTTACATCTCGTAGTTGAAGATCCAATTTCGAAACCCTAGCTGTTGTCGTTGACATGGAAATCCCTCAAGAAACCGATGATTACATAAGAGCATCCATAGATCACAGCGTCGGTCTGAATGTCTCCACCGACGCACTTCTTCTTAAACTTCGCGCCGTCGAAGCATCGCAGGTTCACCTCCGTCGTCAGTATCTCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993815
ATGGAAATCCCTCAAGAAACCGATGATTACATAAGAGCATCCATAGATCACAGCGTCGGTCTGAATGTCTCCACCGACGCACTTCTTCTTAAACTTCGCGCCGTCGAAGCATCGCAGGTTCACCTCCGTCGTCAGTATCTCTCTCTGCAATCCAAGCTAAAAGAGAAAGATGAAACAATTGATGTTCTTCAGGCTGAGGCGAGCATGAATGCGGTGGCGTTGAAGAAATTTGTGGAGGAAAACCAGAAACTGGCCATGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774835.1
MEIPQETDDYIRASIDHSVGLNVSTDALLLKLRAVEASQVHLRRQYLSLQSKLKEKDETIDVLQAEASMNAVALKKFVEENQKLAMECSNLLAACNKWERECSLYDHDREALMDFANEADERAKEAEVRSRDLEEEKKILEEELHLYKCQVPAVGSSRLTALHLPPAITNLYLSHCQSYMKNCVLVHCAQVQYKVPMSVNLPFLVSLSSPECSFCVGNTPSPILEHSLPITMVGESTNDTEEEHHLLNSLFNTMFGKDEI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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