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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001487

染色体: Chr07 坐标: 11701879-11708413 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001487
名称SmilChr07G001487
描述O-fucosyltransferase 7
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向11701879 - 11708413 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992588
GeneID130992588
locus_tag-
NCBI NameLOC130992588
原始查询SmilChr07G001487

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述O-fucosyltransferase 7
产物O-fucosyltransferase 7
ArabidopsisAT1G22460 (AT1G22460)
O-fucosyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838852]
identity=71.4; qcov=0.964; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0190100
-
identity=59.6; qcov=0.922; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005737 (cytoplasm)
KEGG-
PfamPF10250 (O-FucT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992588

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057773261.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057773261.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773262.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773262.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773262.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:11702128 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr7:11702255 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr7:11702640 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr7:11703059 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr7:11704781 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B72
Chr7:11704781 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B72
Chr7:11704969 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C38,C86
Chr7:11705042 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr7:11705211 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr7:11705233 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:11705259 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C75,D6
Chr7:11705486 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773261.1
537 aa
N
1
268
537
O-FucT
C
PF10250 O-FucT 127-442 aa
XP_057773262.1
446 aa
N
1
223
446
O-FucT
C
PF10250 O-FucT 36-351 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773261.1 Pfam PF10250 O-FucT Family 127 442 7.5e-107 358.7 GDP-fucose protein O-fucosyltransferase
XP_057773262.1 Pfam PF10250 O-FucT Family 36 351 4.4e-107 359.4 GDP-fucose protein O-fucosyltransferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917278.1
GTGTTGAATTGAGTAGTAGAGTTTGACTTGCGTCGACCATCTTCTTCCTCATTTAAATTTAAACCCTTTCTCTCTCCTTCCATGAGCATGTGATGTGGTAGTGTAGCAATTACTACTCTTCCAGCCCACGTTTCCCACTCTTCGAAATCGTAAATGCCTTCCAATTCTATAATTCAGACACGCGCATTCAGCAAAACTCAACAACAAGGGTTTCTGGAGTGCAGAAGGTAATGCCGGTGCTGTCTAAACGGAGGTGGCGC...
XM_057917279.1
AGCAACATGAAACCGGGTACCAAAAACTGAGCCGAGAGGGAAGCTGGATGCAAGAGTTTGCTCCTCCGCATTTGTTGGTGGCTCCTGTCACTGCTCATAAGATTTGACAGTTGGGTGGCGCAAGCATGACCTTGGATTTGGACAAGTTGTGGAAGCAACCACCTAATAGAGACTATGTACCTTGCATTAAACCAAGTTCATCTTATAAAACTCCTCCAGAATCTCGTGGTTACCTACTTGTACATGCAAATGGGGGTCTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130992588
ATGCCGGTGCTGTCTAAACGGAGGTGGCGCACTCTACTCTTTCTTAGGCGTCTGCTAACATGCGCCATAGGCGCCATAGCCCTTATGGCGCTCCTTTCTTCCGTACACGTCCAAGAAGTTACCAACTTGCCTACTGATCCATCCTACAAGCTTCCTGCGCAACATGAAACCGGGTACCAAAAACTGAGCCGAGAGGGAAGCTGGATGCAAGAGTTTGCTCCTCCGCATTTGTTGGTGGCTCCTGTCACTGCTCATAAGTT...
LOC130992588
ATGACCTTGGATTTGGACAAGTTGTGGAAGCAACCACCTAATAGAGACTATGTACCTTGCATTAAACCAAGTTCATCTTATAAAACTCCTCCAGAATCTCGTGGTTACCTACTTGTACATGCAAATGGGGGTCTTAATCAAATGAGAGCAGGGATATGTGATATGGTTGCTATTGCACGCCTGATAAACGCTACGCTTGTGATTCCTGAGCTAGATAAACACTCGTTTTGGCAAGATTCTAGCAACTTCTCTGATGTCTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057773261.1
MPVLSKRRWRTLLFLRRLLTCAIGAIALMALLSSVHVQEVTNLPTDPSYKLPAQHETGYQKLSREGSWMQEFAPPHLLVAPVTAHKLGGASMTLDLDKLWKQPPNRDYVPCIKPSSSYKTPPESRGYLLVHANGGLNQMRAGICDMVAIARLINATLVIPELDKHSFWQDSSNFSDVFDEYHFITSLADDVKIINKLPKELANATRAVKHFRSWSGVEYYEQEIASMWEEYKVIRAAKSDSRLANNNLPPDTQKLRCRAC...
XP_057773262.1
MTLDLDKLWKQPPNRDYVPCIKPSSSYKTPPESRGYLLVHANGGLNQMRAGICDMVAIARLINATLVIPELDKHSFWQDSSNFSDVFDEYHFITSLADDVKIINKLPKELANATRAVKHFRSWSGVEYYEQEIASMWEEYKVIRAAKSDSRLANNNLPPDTQKLRCRACYEALRFAPQIESMGKLLVERMRSYGHYIALHLRFEKDMLAFSGCTHDLSPEEAEELKTIRENMTWWKIKDIDPVEQRAKGYCPLTPKEVGL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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