Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001492`

染色体: Chr07 坐标: 11805545-11806415 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001492`
名称	SmilChr07G001492
描述	cytochrome P450 736A117-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	11805545 - 11806415 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993820`
GeneID	`130993820`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993820`
原始查询	`SmilChr07G001492`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cytochrome P450 736A117-like
产物	cytochrome P450 736A117-like
Arabidopsis	`AT3G48280` (CYP71A25) cytochrome P450, family 71, subfamily A, polypeptide 25 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823986] identity=48.1; qcov=0.985; evalue=1.3e-79; confidence=high
Rice	`Os09g0441600` - identity=36; qcov=1.01; evalue=1.59e-53; confidence=medium
GO	GO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG	-
Pfam	PF00067 (p450)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993820

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057774840.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.80000	`XP_057774840.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057774840.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057774840.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057774840.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:11805641`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B129
`Chr7:11805648`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	51	A13,A15,A18,A3,A5,B105,B111,B121,B122,B128,B129,B134,B136,B14,B15,B17,B2,B22,B3,B33,B34,B36,B47,B6,B66,B70,B73,B81,B85,B91,B92,B94,C13,C15,C22,C27,C3,C37,C39,C4,C42,C49,C51,C55,C61,C67,C7,C72,C84,C85,D1
`Chr7:11805655`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B100
`Chr7:11805655`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B100
`Chr7:11805717`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B47,B92,C37,C4,C67
`Chr7:11805743`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A21,C48
`Chr7:11805797`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr7:11805807`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A20
`Chr7:11805809`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A14,B113,B83,C43,C56
`Chr7:11805852`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B55,B90
`Chr7:11805854`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B110,B40,B47,C46,C49
`Chr7:11805871`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B40

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774840.1

264 aa

132

264

p450

PF00067 p450 32-252 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774840.1`	Pfam	`PF00067`	p450	Domain	32	252	1.2e-26	94.2	Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918857.1
GTCAAACAAATGGCTAGCTTCCAACACTCGACACACACACACATATAACCACAACATAGCTCGCAGTTTCACAACAATGGAGGAATTCAAATATCTGATTCCCCTTATTCTCACATCAATCCTCTCTCTCATCTTCTTACTATGCTCCATCGTCAAAAGGAAAAAACTGCCCCCATCACCACTAAAGCTGCCTATAATCGGAAATCTACACCAAGTGGGGTCACTGCCCCACCGCGATCTCCACTCCCTAGCCCGGAAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993820
ATGGAGGAATTCAAATATCTGATTCCCCTTATTCTCACATCAATCCTCTCTCTCATCTTCTTACTATGCTCCATCGTCAAAAGGAAAAAACTGCCCCCATCACCACTAAAGCTGCCTATAATCGGAAATCTACACCAAGTGGGGTCACTGCCCCACCGCGATCTCCACTCCCTAGCCCGGAAACACGGCCCCCTGATGCTTCTTCACTTGGGCAGCGCCCCGGCTCTGATCGTCTCCTCCGCCGACTCAGCCTGCGAAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057774840.1
MEEFKYLIPLILTSILSLIFLLCSIVKRKKLPPSPLKLPIIGNLHQVGSLPHRDLHSLARKHGPLMLLHLGSAPALIVSSADSACEIMRTHDLVFASRPVYKAFQKLLYGCKDVASAPYGDHWRRMKSILVLQLLSNKRVQTFRSIREEETAIFLKKIQESAGPVNLSEIFKKLNNDGVCRAAFGRKYSETENGKKFLLLLSDLMELLGSIDVGDFIPWLAWIGRLNGFDRKLDRVAKGMDQVLESVFQERSNGAHGKDG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器