当前解析结果
SmilChr07G001498| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001498 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001498 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G001498 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 11902656 - 11904029 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130992641 |
|---|---|
| GeneID | 130992641 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992641 |
| 原始查询 | SmilChr07G001498 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | Chaperone DnaJ-domain superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814700]; symbol=AT2G01710; hit=AT2G01710; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | Chaperone DnaJ-domain superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814700]; symbol=AT2G01710; hit=AT2G01710; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT2G01710 (AT2G01710)Chaperone DnaJ-domain superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814700] identity=47.5; qcov=1.02; evalue=5.24e-95; confidence=high |
| Rice | Os02g0510000 (OsDjC18)- identity=36.3; qcov=0.671; evalue=1.6e-27; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00226 (DnaJ) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992641 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057773347.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057773347.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057773347.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057773347.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057773347.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:11902892 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C46 |
Chr7:11902902 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B55 |
Chr7:11902936 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B84 |
Chr7:11902936 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B84 |
Chr7:11903359 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B6 |
Chr7:11903360 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B6 |
Chr7:11903363 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B68,C48,C62 |
Chr7:11903749 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B133,B57,B7,B72,C62 |
Chr7:11903758 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C68 |
Chr7:11903766 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr7:11903815 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B65 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057773347.1PF00226
DnaJ 72-134 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057773347.1 |
Pfam | PF00226 |
DnaJ | Domain | 72 | 134 | 1.8e-17 | 63.9 | DnaJ domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。