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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001498

染色体: Chr07 坐标: 11902656-11904029 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001498
名称SmilChr07G001498
描述uncharacterized SmilChr07G001498
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向11902656 - 11904029 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992641
GeneID130992641
locus_tag-
NCBI NameLOC130992641
原始查询SmilChr07G001498

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Chaperone DnaJ-domain superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814700]; symbol=AT2G01710; hit=AT2G01710; species=arabidopsis; confidence=high
产物Chaperone DnaJ-domain superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814700]; symbol=AT2G01710; hit=AT2G01710; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G01710 (AT2G01710)
Chaperone DnaJ-domain superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814700]
identity=47.5; qcov=1.02; evalue=5.24e-95; confidence=high
RiceOs02g0510000 (OsDjC18)
-
identity=36.3; qcov=0.671; evalue=1.6e-27; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF00226 (DnaJ)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992641

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057773347.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773347.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773347.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057773347.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057773347.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:11902892 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr7:11902902 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr7:11902936 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B84
Chr7:11902936 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B84
Chr7:11903359 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B6
Chr7:11903360 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B6
Chr7:11903363 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B68,C48,C62
Chr7:11903749 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B133,B57,B7,B72,C62
Chr7:11903758 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C68
Chr7:11903766 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr7:11903815 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773347.1
337 aa
N
1
168
337
DnaJ
C
PF00226 DnaJ 72-134 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773347.1 Pfam PF00226 DnaJ Domain 72 134 1.8e-17 63.9 DnaJ domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917364.1
GCAATTAACCCTAAATTTAATTTTTTATATAGTTAGTGAAGTTGGACGTTTTAAATTTTGAGTGATTAGACTATTGAGTGGGTGATATAGGGTAGGGGTGGTGGAAAAGAGGAGCAGTGGACCCAGACACAGCGAATGAGAGTGAACATCGTTTTCTCAGACGGGAAAAGCAAGAGCTTGGGCCGTAGATCTAAATGGAGCATCACACCACCACCAGCCGCGCCGAAGCCGAGCGCCTCTTGGGCATCGCCGAGAAGCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992641
ATGGAGCATCACACCACCACCAGCCGCGCCGAAGCCGAGCGCCTCTTGGGCATCGCCGAGAAGCTCCTCCGCAGCAAGGATTACGCCGGCTGCCGTGATTTCGCCATCCTGGCGCAGGAGACGGAGCCGCTCGTTGACGGCTCCGACCAGATCTTAGCTGTCGCGGAGGTCCTATCCGCCTCCGACAACAAGCGGCTGAGCAGCAACCAGCCCGACTGGTACTCGATTCTCCAAATCCCGCAGCGCTCCAACGACGTCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773347.1
MEHHTTTSRAEAERLLGIAEKLLRSKDYAGCRDFAILAQETEPLVDGSDQILAVAEVLSASDNKRLSSNQPDWYSILQIPQRSNDVDLIKKQYRRLALLLHPDKNKFPFSDSAFRLVADSWAVLSDPAKKSVYDAEFASRFTKVDLVAMKKQQKKANSGQKLPVRRSARGEVGGGVKAATPSTKSGGVGSDNSAWEENMWTACPYCYNLYEYPRQYEGCCLRCDNEKCRRAFTAAEILSMPPTVPGKEAYYCCWGFFPMG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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