当前解析结果
SmilChr07G001514| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001514 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001514 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G001514 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 12092359 - 12099185 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130992593 |
|---|---|
| GeneID | 130992593 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992593 |
| 原始查询 | SmilChr07G001514 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | OsRFPV-5; symbol=OsRFPV-5; hit=Os06g0677300; species=rice; confidence=high |
| 产物 | OsRFPV-5; symbol=OsRFPV-5; hit=Os06g0677300; species=rice; confidence=high |
| Arabidopsis | AT5G60580 (AT5G60580)RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836179] identity=48.2; qcov=0.93; evalue=2.94e-121; confidence=high |
| Rice | Os06g0677300 (OsRFPV-5)- identity=59.6; qcov=0.966; evalue=2.81e-179; confidence=high |
| GO | GO:0008270 (zinc ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF12906 (RINGv) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992593 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.80000 | XP_057773273.1 |
| 2 | Endosome | 内体 | 0.40000 | XP_057773273.1 |
| 3 | Endosome membrane | 内体膜 | 0.40000 | XP_057773274.1 |
| 4 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.20000 | XP_057773273.1 |
| 5 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.20000 | XP_057773274.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:12097934 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B59 |
Chr7:12097935 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A5,C53,D1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057773273.1PF12906
RINGv 245-292 aa
XP_057773274.1PF12906
RINGv 209-256 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057773273.1 |
Pfam | PF12906 |
RINGv | Domain | 245 | 292 | 2e-12 | 47.7 | RING-variant domain |
XP_057773274.1 |
Pfam | PF12906 |
RINGv | Domain | 209 | 256 | 1.9e-12 | 47.9 | RING-variant domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。