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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001514

染色体: Chr07 坐标: 12092359-12099185 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001514
名称SmilChr07G001514
描述uncharacterized SmilChr07G001514
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向12092359 - 12099185 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992593
GeneID130992593
locus_tag-
NCBI NameLOC130992593
原始查询SmilChr07G001514

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述OsRFPV-5; symbol=OsRFPV-5; hit=Os06g0677300; species=rice; confidence=high
产物OsRFPV-5; symbol=OsRFPV-5; hit=Os06g0677300; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT5G60580 (AT5G60580)
RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836179]
identity=48.2; qcov=0.93; evalue=2.94e-121; confidence=high
RiceOs06g0677300 (OsRFPV-5)
-
identity=59.6; qcov=0.966; evalue=2.81e-179; confidence=high
GOGO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
PfamPF12906 (RINGv)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992593

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057773273.1
2 Endosome 内体 0.40000 XP_057773273.1
3 Endosome membrane 内体膜 0.40000 XP_057773274.1
4 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057773273.1
5 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057773274.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:12097934 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr7:12097935 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,C53,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773273.1
507 aa
N
1
254
507
RINGv
C
PF12906 RINGv 245-292 aa
XP_057773274.1
471 aa
N
1
236
471
RINGv
C
PF12906 RINGv 209-256 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773273.1 Pfam PF12906 RINGv Domain 245 292 2e-12 47.7 RING-variant domain
XP_057773274.1 Pfam PF12906 RINGv Domain 209 256 1.9e-12 47.9 RING-variant domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917290.1
ACCTTCCAATGCTAAAAGTCGACACCTTTGTGATTCATTTTTACTCCACAACAGAATTTGGTTGACTCCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTGTTCTGTTCACGGTCCACGACATCTTTCAATGTTCAAACCACACTTATTTATCGAAATTGCTTCCATAGGTTTTGTTTTGCTTCCAAGCTTTGAATCCAGCTGCCATGGCGGAGAGTAGTGGCGTTGGAACACTGCATCAACCCGCTCAAGAAGATGACCAAAATCTGCA...
XM_057917291.1
TTATTTTTTTGGGATTTGTGAGGTGTTGGAATTTCTGTAGCTAATATAGATAGAAATTTATCCCCTTTCTTTTGCTTGATTTTATGAATTTCTTGTTTGGCAACTGCTTTGTACTTCGCAATGCTCTGATAAATCGAGAAATAGTTTGAATTTTCATAGAGATATGAAAGAGAAGAAGCCACGTTAATGCCACCCAGACGCCCAAATCTCTCATCCTTGGAAATACCTGAAAGATCTTTGGAAGCTGCATTGTCCGATTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130992593
ATGGCGGAGAGTAGTGGCGTTGGAACACTGCATCAACCCGCTCAAGAAGATGACCAAAATCTGCACGCCATCTTTGATCAGAGATATGAAAGAGAAGAAGCCACGTTAATGCCACCCAGACGCCCAAATCTCTCATCCTTGGAAATACCTGAAAGATCTTTGGAAGCTGCATTGTCCGATTTCACAAGGATAGACATCCCCAGTCCCAGTTCTACCAGAGCAGGACTGCCTCCGAGACCCAGTTCGGCGAAACTTAAATC...
LOC130992593
ATGCCACCCAGACGCCCAAATCTCTCATCCTTGGAAATACCTGAAAGATCTTTGGAAGCTGCATTGTCCGATTTCACAAGGATAGACATCCCCAGTCCCAGTTCTACCAGAGCAGGACTGCCTCCGAGACCCAGTTCGGCGAAACTTAAATCATCTGTTAAGAACATGCTTTCTCAGAAGAGCTTCAGGGGTAAAATCCCATCTCAGGAAACTGAAAAAACAGTTCTTATTATACCAGACGTGCCCCATTCAGACAAGCC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057773273.1
MAESSGVGTLHQPAQEDDQNLHAIFDQRYEREEATLMPPRRPNLSSLEIPERSLEAALSDFTRIDIPSPSSTRAGLPPRPSSAKLKSSVKNMLSQKSFRGKIPSQETEKTVLIIPDVPHSDKPSTSRSFSLNKLLFSPSTKSVHSLPVTPTTVADPKPSLENHADLQSKTLQPEATKFMKRSFSVPVNVKTRSLRRTESSGGLIRVISKHHHPTTVENASPDISPETEDAIEDAGEDIPEEEAVCRICLIELGEGGETLK...
XP_057773274.1
MPPRRPNLSSLEIPERSLEAALSDFTRIDIPSPSSTRAGLPPRPSSAKLKSSVKNMLSQKSFRGKIPSQETEKTVLIIPDVPHSDKPSTSRSFSLNKLLFSPSTKSVHSLPVTPTTVADPKPSLENHADLQSKTLQPEATKFMKRSFSVPVNVKTRSLRRTESSGGLIRVISKHHHPTTVENASPDISPETEDAIEDAGEDIPEEEAVCRICLIELGEGGETLKMECSCKGELALAHQECAVKWFSIKGNKTCDVCKQDV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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