当前解析结果
SmilChr07G001526| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001526 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001526 |
| 描述 | protein DETOXIFICATION 48-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 12309625 - 12311633 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130992625 |
|---|---|
| GeneID | 130992625 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992625 |
| 原始查询 | SmilChr07G001526 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein DETOXIFICATION 48-like |
| 产物 | protein DETOXIFICATION 48-like |
| Arabidopsis | AT1G58340 (ZF14)MATE efflux family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842203] identity=71.3; qcov=0.923; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os02g0676400- identity=60; qcov=0.855; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0015297 (antiporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0042910 (xenobiotic transmembrane transporter activity); GO:1990961 (xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01554 (MatE) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992625 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.60000 | XP_057773322.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.60000 | XP_057773322.1 |
| 3 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.60000 | XP_057773322.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057773322.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057773322.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:12310321 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C17,C53 |
Chr7:12310378 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B69 |
Chr7:12310399 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B62,C56 |
Chr7:12310400 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B114 |
Chr7:12311278 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C33 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057773322.1PF01554
MatE 58-218 aa
PF01554
MatE 279-442 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057773322.1 |
Pfam | PF01554 |
MatE | Family | 58 | 218 | 5.9e-70 | 234.8 | MatE |
XP_057773322.1 |
Pfam | PF01554 |
MatE | Family | 279 | 442 | 5.9e-70 | 234.8 | MatE |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。