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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001526

染色体: Chr07 坐标: 12309625-12311633 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001526
名称SmilChr07G001526
描述protein DETOXIFICATION 48-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向12309625 - 12311633 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992625
GeneID130992625
locus_tag-
NCBI NameLOC130992625
原始查询SmilChr07G001526

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein DETOXIFICATION 48-like
产物protein DETOXIFICATION 48-like
ArabidopsisAT1G58340 (ZF14)
MATE efflux family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842203]
identity=71.3; qcov=0.923; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0676400
-
identity=60; qcov=0.855; evalue=0; confidence=high
GOGO:0015297 (antiporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0042910 (xenobiotic transmembrane transporter activity); GO:1990961 (xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane)
KEGG-
PfamPF01554 (MatE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992625

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057773322.1
2 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057773322.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.60000 XP_057773322.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773322.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773322.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:12310321 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C17,C53
Chr7:12310378 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr7:12310399 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B62,C56
Chr7:12310400 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr7:12311278 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C33

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773322.1
544 aa
N
1
272
544
MatE
MatE
C
PF01554 MatE 58-218 aa PF01554 MatE 279-442 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773322.1 Pfam PF01554 MatE Family 58 218 5.9e-70 234.8 MatE
XP_057773322.1 Pfam PF01554 MatE Family 279 442 5.9e-70 234.8 MatE

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917339.1
CAAAAAAGAAAGAAAGAAGAGAAGGTATGTGCAATCCCAAGCCGTCTTCACCTTCCTCCTTTATTCCTACCAATAAAAACCATTTCATAAACCCCAACAAAACCATGGTCGTTGTTGATGATGAAGACGACCTGGATAGATGGCCGAATATCTCCGAGGGAGTTGAAGAAATGAAGGAGATAGGGAAGATATCATGCCCAACGGCGATGACAGGGCTTATACTATACTCACGAGCCATGATATCAATGCTATTCCTGGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992625
ATGTGCAATCCCAAGCCGTCTTCACCTTCCTCCTTTATTCCTACCAATAAAAACCATTTCATAAACCCCAACAAAACCATGGTCGTTGTTGATGATGAAGACGACCTGGATAGATGGCCGAATATCTCCGAGGGAGTTGAAGAAATGAAGGAGATAGGGAAGATATCATGCCCAACGGCGATGACAGGGCTTATACTATACTCACGAGCCATGATATCAATGCTATTCCTGGGTTACCTGGGCGAGCTGGAGCTGGCAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773322.1
MCNPKPSSPSSFIPTNKNHFINPNKTMVVVDDEDDLDRWPNISEGVEEMKEIGKISCPTAMTGLILYSRAMISMLFLGYLGELELAGGSLSIGVANITGYSVISGLAMGMEPICGQAYGAKQMKLLGLTLQRTVLLLLSTSIPISLMWLNMKRMLLWCNQDEEISSVAHTFIVFAIPDLFFLSLLHPLRIYLRTQSITLPLTYCSCASVLLHVPLNFLLVNYFHMGVAGVALAMALTNLNLVLLLCSYVYFSGVHRASWV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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