当前解析结果
SmilChr07G001537| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001537 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001537 |
| 描述 | protein SABRE-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 12465879 - 12502598 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130992535 |
|---|---|
| GeneID | 130992535 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992535 |
| 原始查询 | SmilChr07G001537 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein SABRE-like |
| 产物 | protein SABRE-like |
| Arabidopsis | AT1G58250 (SAB)HYPERSENSITIVE TO PI STARVATION 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842193] identity=64; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os03g0353600 (OsSTA99)- identity=59.2; qcov=0.226; evalue=0; confidence=weak |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF10344 (Hobbit) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992535 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.80000 | XP_057773183.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.80000 | XP_057773183.1 |
| 3 | Nucleus membrane | 核膜 | 0.60000 | XP_057773183.1 |
| 4 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 0.20000 | XP_057773183.1 |
| 5 | Lipid droplet | 脂滴 | 0.20000 | XP_057773183.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:12471284 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A4,B63,C29,C43,C56 |
Chr7:12474963 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B48 |
Chr7:12477882 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B114 |
Chr7:12478140 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B68,C28 |
Chr7:12478869 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C25 |
Chr7:12479055 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C54 |
Chr7:12479286 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C34 |
Chr7:12479485 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B38 |
Chr7:12479638 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C32,C68,C8 |
Chr7:12479655 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C83 |
Chr7:12479691 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | A13 |
Chr7:12479691 |
CT |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | A13 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057773183.1PF10344
Hobbit 5-2546 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057773183.1 |
Pfam | PF10344 |
Hobbit | Repeat | 5 | 2546 | 0 | 2388.3 | Hobbit/FMP27/BTLP2 family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。