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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001538

染色体: Chr07 坐标: 12509979-12517865 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001538
名称SmilChr07G001538
描述serine/threonine-protein kinase CTR1-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向12509979 - 12517865 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992553
GeneID130992553
locus_tag-
NCBI NameLOC130992553
原始查询SmilChr07G001538

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine/threonine-protein kinase CTR1-like
产物serine/threonine-protein kinase CTR1-like
ArabidopsisAT4G24480 (AT4G24480)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828550]
identity=54.5; qcov=1.12; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0610900 (OsCTR3)
-
identity=57.8; qcov=0.824; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF14381 (EDR1_CTR1_ARMC3_pept)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992553

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057773212.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057773212.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057773212.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773212.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773212.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:12510821 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B30,B31,D3
Chr7:12510859 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B113,B127,B139,C25,C67
Chr7:12510914 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B139,B83,C67
Chr7:12511413 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A1,B101
Chr7:12513460 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B61,B65,B74,B92
Chr7:12513543 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4
Chr7:12513564 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B108,B132,B47,C37
Chr7:12513925 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B131,B56,B96
Chr7:12513935 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B118,B125,B44,B55,C25
Chr7:12517555 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773212.1
854 aa
N
1
427
854
EDR1_CTR1_ARMC3_pept
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF14381 EDR1_CTR1_ARMC3_pept 202-410 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 584-838 aa PF00069 Pkinase 585-836 aa
XP_057773213.1
851 aa
N
1
426
851
EDR1_CTR1_ARMC3_pept
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF14381 EDR1_CTR1_ARMC3_pept 202-410 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 581-835 aa PF00069 Pkinase 582-833 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773212.1 Pfam PF14381 EDR1_CTR1_ARMC3_pept Domain 202 410 1.3e-71 241.3 EDR1/CTR1/ARMC3, peptidase-like
XP_057773212.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 584 838 8.1e-65 219.4 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057773212.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 585 836 3.5e-53 181.4 Protein kinase domain
XP_057773213.1 Pfam PF14381 EDR1_CTR1_ARMC3_pept Domain 202 410 1.3e-71 241.3 EDR1/CTR1/ARMC3, peptidase-like
XP_057773213.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 581 835 8.1e-65 219.4 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057773213.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 582 833 3.5e-53 181.4 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917230.1
TGTGGTTTTGGTGTGTATTTCCCAATGCGATAGGGAGGCAGCACTATTGGTCCTTTTCCTCGTTAGTTTACGAGAGCCGCTAACATACGCCGGGGTTGGAGATTTACGTGTCCCGTGGCCAGCTCCTTCAAACTCGACGTGGCAAACTACGAAGCAGGGTGCGCATCCACACCCGCGCGTAGTTTAGCCGCGAGGCCCATAAAAATATTCATGTTTGCGCAAGTTGGCGCTTAAAATAGTCGGCTGAAACCCAACAGTAT...
XM_057917229.1
TTCCCAATGCGATAGGGAGGCAGCACTATTGGTCCTTTTCCTCGTTAGTTTACGAGAGCCGCTAACATACGCCGGGGTTGGAGATTTACGTGTCCCGTGGCCAGCTCCTTCAAACTCGACGTGGCAAACTACGAAGCAGGGTGCGCATCCACACCCGCGCGTAGTTTAGCCGCGAGGCCCATAAAAATATTCATGTTTGCGCAAGTTGGCGCTTAAAATAGTCGGCTGAAACCCAACAGTATGTATAATGCTCTTTCTAC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130992553
ATGCCGCATCGAACCACTTACTTTTTCCCGCGGCAATTTCCTGACCGCAGCTTGGCGGCGGATCACGAGAAGAAGCAGGTGGTGGTAGATGAGATTCAGGACAAGGAGGACTCCCCTCCTAAAGGTGGAGTCACGTGCGACAAGATTCACGGGAAGCAGCTCGCCGCCTTCGTCAAGTGGCTTTCCGACAAGAAACACAGGGACAAATCCCAATTCGCCAAGATCAAATCGTACGATCACGACCATGATATTGAGGAAGA...
LOC130992553
ATGCCGCATCGAACCACTTACTTTTTCCCGCGGCAATTTCCTGACCGCAGCTTGGCGGCGGATCACGAGAAGAAGCAGGTGGTGGTAGATGAGATTCAGGACAAGGAGGACTCCCCTCCTAAAGGTGGAGTCACGTGCGACAAGATTCACGGGAAGCAGCTCGCCGCCTTCGTCAAGTGGCTTTCCGACAAGAAACACAGGGACAAATCCCAATTCGCCAAGATCAAATCGTACGATCACGACCATGATATTGAGGAAGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057773212.1
MPHRTTYFFPRQFPDRSLAADHEKKQVVVDEIQDKEDSPPKGGVTCDKIHGKQLAAFVKWLSDKKHRDKSQFAKIKSYDHDHDIEEEDESTQRLLPPPEQPTNESGIERQISLQRVSSEGSTSYAGSLFSGTTLDGNWSANTTGILKEPAGVKEEEGDGVMQRYKEGYYLQLMFAKRLTQQAALVTEPLLLPERRMGGSPDADTVSYRLWVSGCLSYSDKITDGFYNILGMNPYLWLMCNEVEEGRRMPSLIALSNVEPN...
XP_057773213.1
MPHRTTYFFPRQFPDRSLAADHEKKQVVVDEIQDKEDSPPKGGVTCDKIHGKQLAAFVKWLSDKKHRDKSQFAKIKSYDHDHDIEEEDESTQRLLPPPEQPTNESGIERQISLQRVSSEGSTSYAGSLFSGTTLDGNWSANTTGILKEPAGVKEEEGDGVMQRYKEGYYLQLMFAKRLTQQAALVTEPLLLPERRMGGSPDADTVSYRLWVSGCLSYSDKITDGFYNILGMNPYLWLMCNEVEEGRRMPSLIALSNVEPN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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