当前解析结果
SmilChr07G001549| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001549 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001549 |
| 描述 | oligopeptide transporter 4-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 12602517 - 12609319 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130992560 |
|---|---|
| GeneID | 130992560 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992560 |
| 原始查询 | SmilChr07G001549 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | oligopeptide transporter 4-like |
| 产物 | oligopeptide transporter 4-like |
| Arabidopsis | AT5G64410 (OPT4)oligopeptide transporter 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836562] identity=73.3; qcov=0.974; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0630200- identity=68.1; qcov=0.976; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0035673 (oligopeptide transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03169 (OPT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992560 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.60000 | XP_057773221.1 |
| 2 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.40000 | XP_057773221.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057773221.1 |
| 4 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057773221.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057773221.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:12602923 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B9 |
Chr7:12602937 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C15 |
Chr7:12603063 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C12 |
Chr7:12603063 |
CT |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C12 |
Chr7:12603246 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B49,B78,B79,C36 |
Chr7:12607886 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B125 |
Chr7:12607931 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B49 |
Chr7:12608555 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B44 |
Chr7:12608558 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B140,B44,C5 |
Chr7:12608559 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B76 |
Chr7:12608570 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | A16 |
Chr7:12608570 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | A16 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057773221.1PF03169
OPT 49-718 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057773221.1 |
Pfam | PF03169 |
OPT | Family | 49 | 718 | 9.1e-176 | 586.9 | OPT oligopeptide transporter protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。