Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001554`

染色体: Chr07 坐标: 12671561-12673032 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001554`
名称	SmilChr07G001554
描述	ethylene-responsive transcription factor ERF017-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	12671561 - 12673032 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992693`
GeneID	`130992693`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992693`
原始查询	`SmilChr07G001554`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ethylene-responsive transcription factor ERF017-like
产物	ethylene-responsive transcription factor ERF017-like
Arabidopsis	`AT1G19210` (AT1G19210) Integrase-type DNA-binding superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838504] identity=58.8; qcov=0.864; evalue=3.78e-33; confidence=medium
Rice	`Os02g0781300` (OsERF#011) - identity=50.5; qcov=0.78; evalue=1.44e-23; confidence=medium
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992693

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057773429.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057773429.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057773429.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057773429.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057773429.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:12672074`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	12	B102,B124,B32,B59,B8,B82,B83,B87,C37,C42,C59,C79
`Chr7:12672076`	`G`	`GTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	5	B50,C1,C44,C61,D8
`Chr7:12672076`	`G`	`GTA`	2bp_insertion	CDS_variant	5	B50,C1,C44,C61,D8
`Chr7:12672091`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C83
`Chr7:12672101`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21
`Chr7:12672102`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B102,C13
`Chr7:12672102`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B102,C13
`Chr7:12672108`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B127,B61,C13,C14,C33
`Chr7:12672115`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr7:12672177`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	48	A18,A25,A5,B101,B126,B128,B138,B18,B19,B24,B33,B36,B38,B39,B44,B46,B47,B48,B62,B67,B7,B73,B74,B78,B81,B85,B89,C11,C16,C22,C29,C31,C40,C46,C47,C62,C64,C67,C7,C73,C77,C78,C80,C82,C83,D2,D5,D7
`Chr7:12672194`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	173	A10,A13,A14,A16,A20,A21,A22,A24,A25,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B102,B103,B104,B105,B108,B11,B111,B113,B114,B118,B12,B120,B122,B123,B124,B125,B127,B128,B13,B130,B131,B132,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B16,B17,B18,B20,B22,B23,B25,B27,B28,B29,B3,B30,B31,B32,B33,B35,B36,B37,B4,B40,B42,B44,B45,B47,B49,B5,B50,B51,B53,B54,B55,B59,B6,B60,B61,B62,B65,B67,B68,B7,B70,B72,B73,B74,B76,B77,B78,B79,B80,B82,B83,B84,B87,B89,B9,B91,B94,B99,C11,C12,C13,C14,C15,C16,C18,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C26,C28,C29,C30,C32,C34,C35,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C42,C43,C44,C45,C47,C5,C50,C51,C52,C54,C55,C56,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C66,C67,C68,C7,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C79,C8,C80,C82,C83,C84,D1,D10,D3,D5,D8
`Chr7:12672198`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	184	A10,A13,A14,A16,A20,A21,A22,A24,A25,A3,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B102,B103,B104,B105,B108,B11,B111,B113,B114,B118,B12,B120,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B128,B13,B130,B131,B132,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B16,B17,B18,B19,B20,B22,B23,B25,B27,B28,B29,B3,B30,B31,B32,B33,B35,B36,B37,B4,B40,B42,B44,B45,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B65,B67,B68,B7,B70,B72,B73,B74,B76,B77,B78,B79,B8,B80,B82,B83,B84,B86,B87,B89,B9,B91,B94,B99,C11,C12,C13,C14,C15,C16,C18,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C26,C28,C29,C30,C32,C34,C35,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C42,C43,C44,C45,C47,C5,C50,C51,C52,C54,C55,C56,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C7,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C79,C8,C80,C81,C82,C83,C84,D1,D10,D3,D5,D6,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917446.1
AATATCATATTAAACCCTGAACTATTCTCGCTTTATCAAAAATACCCTGGAAGTTTTGAAATGCTCTCTAAACCCTCAAAGTATTAAAGTTTTATCAAATATATCCTGCATTTATTTTCCGGTCACCAGAAATATGACGTGGCTCGCCGGATGACACTGTGTAATTTAAATTTTATTTTTTTTAATCCATGTCATTTTATATTCTATTTTTTAAGCCATGTCATCCTGCTCTCTGTCTCTCTCTGCATTCTCTCCCCCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992693
ATGGTGAAATCACCTAAAAAGCAGCAGCAACCTTCATTCTCAGCCACCGCTGCCGCTTTCGAGGTTGTTCGAGAAGCTTCATCTTCCTCCTTCTGCAAATACAAGGGCGTGCGCAAGCGTAAGTGGGGGAAATACGTCTCCGAGATCAGGCTCCCTAACTGCAGGGAGAGGATCTGGCTCGGATCCTACAACACGGCGAAAAAGGTGGCGCGTGCCTTCGACGCCGCCCTCTACTGCCGAGATCCAGGTCGCCGCCGCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057773429.1
MVKSPKKQQQPSFSATAAAFEVVREASSSSFCKYKGVRKRKWGKYVSEIRLPNCRERIWLGSYNTAKKVARAFDAALYCRDPGRRRRLTMAEKAARAFGGDLGNAKFNFPDNPPKIEIQVAAARFAHASTGA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器