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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001571

染色体: Chr07 坐标: 12944415-12948060 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001571
名称SmilChr07G001571
描述receptor-like protein kinase 7
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向12944415 - 12948060 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992728
GeneID130992728
locus_tag-
NCBI NameLOC130992728
原始查询SmilChr07G001571

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein kinase 7
产物receptor-like protein kinase 7
ArabidopsisAT1G09970 (LRR XI-23)
Leucine-rich receptor-like protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837531]
identity=61.2; qcov=0.986; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0232100
-
identity=42.1; qcov=0.991; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0033612 (receptor serine/threonine kinase binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992728

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057773442.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773442.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773442.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773442.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057773442.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:12944831 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B137,B15,B86,C10
Chr7:12944864 ACT A 2bp_deletion frameshift_variant 9 A5,B20,B5,B90,C17,C32,C51,C68,C70
Chr7:12944867 A ACG 2bp_insertion frameshift_variant 9 A5,B20,B5,B90,C17,C32,C51,C68,C70
Chr7:12944978 G GGC 2bp_insertion frameshift_variant 11 A15,A24,A5,B20,B60,B90,B94,C17,C32,C51,C70
Chr7:12945026 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr7:12945116 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,B50
Chr7:12945127 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,B50
Chr7:12945191 TCC T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B136
Chr7:12945191 TCC T 2bp_deletion CDS_variant 1 B136
Chr7:12945198 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B54,B90,C30,C40,C44
Chr7:12945250 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B15,B86,C10
Chr7:12945253 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B11,B128,B40,C3,C49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773442.1
970 aa
N
1
485
970
LRRNT_2
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 24-63 aa PF23598 LRR_14 184-294 aa PF00560 LRR_1 190-211 aa PF00560 LRR_1 452-474 aa PF00560 LRR_1 476-498 aa PF00560 LRR_1 501-522 aa PF00560 LRR_1 525-546 aa PF00560 LRR_1 548-566 aa PF00069 Pkinase 664-947 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 714-949 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773442.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 24 63 1.8e-09 38.5 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057773442.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 184 294 2.3e-22 80.0 Leucine-rich repeat region
XP_057773442.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 190 211 2.6e-39 125.4 Leucine Rich Repeat
XP_057773442.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 452 474 2.6e-39 125.4 Leucine Rich Repeat
XP_057773442.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 476 498 2.6e-39 125.4 Leucine Rich Repeat
XP_057773442.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 501 522 2.6e-39 125.4 Leucine Rich Repeat
XP_057773442.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 525 546 2.6e-39 125.4 Leucine Rich Repeat
XP_057773442.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 548 566 2.6e-39 125.4 Leucine Rich Repeat
XP_057773442.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 664 947 7.4e-46 157.4 Protein kinase domain
XP_057773442.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 714 949 2.5e-40 139.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917459.1
GATACAAACTAAAAATCCCAATATTAAATAACTCCAATATCCTCCAGCTTCACCTACATCTACATTATCCCTCAATTGACTAATAATTAAAATCGCCACAAATACAAAATTAAAAAATAAAATACCCCAGCTTACAACCACCATATTCAAAGCACGGAGCCAAAAGCAAAATAAATCAATAGACTCACGGAGAATATTAAAATAAAAAAAAGAAACAATCATTGTCTACTTCAACATTGAGAAAGCAGCAAGTCTGTTAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992728
ATGAAATCACCGGCGGGCGCCGCTACTCTCCGCCTCCTCTCCACCGTCTGCCTCATTTCCCTCGCCGTCGCGGACGATCTCCAAACCCTCCTATCTGTAAAAGACGCCTTCCAAGATTCCAACACTAGAGTATTCGATTCCTGGGAATCCAATTCAAACGTATGCAACTTCGCAGGAATCAGCTGCGATTCCAAAGGATTCGTCAAAGAAATCGAACTCTCCAATCAGAATCTTAGCGGCGTGATTCCTTTAACCGCCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773442.1
MKSPAGAATLRLLSTVCLISLAVADDLQTLLSVKDAFQDSNTRVFDSWESNSNVCNFAGISCDSKGFVKEIELSNQNLSGVIPLTAICSLTQLEKLSLGFNQLGGRVTEDLNKCSSLKYLDIGNNLFSGSFPDISSIHGLVYLYANCSRFSGAFPWDSLRNMSGLQVLSVGDNPFDRTPFPAAILNLTRLSWLYLSNCSIQGEIPEEIGSLVELVDLEISQNFLTGEIPAGITKLKNLWQLELYLNNLTGELPVGLRNLT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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