当前解析结果
SmilChr07G001574| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001574 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001574 |
| 描述 | receptor protein-tyrosine kinase CEPR1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 12980008 - 12983199 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130992730 |
|---|---|
| GeneID | 130992730 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992730 |
| 原始查询 | SmilChr07G001574 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | receptor protein-tyrosine kinase CEPR1-like |
| 产物 | receptor protein-tyrosine kinase CEPR1-like |
| Arabidopsis | AT5G49660 (XIP1)Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835028] identity=61.4; qcov=0.96; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os12g0632900- identity=52.4; qcov=0.969; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0033612 (receptor serine/threonine kinase binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF13855 (LRR_8) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992730 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057773448.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057773448.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057773448.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057773448.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057773448.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:12980689 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C15 |
Chr7:12981967 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A4,B126,B88,C16,C2 |
Chr7:12982069 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A4,B126,B88,C16,C2 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057773448.1PF00560
LRR_1 138-160 aa
PF00560
LRR_1 236-258 aa
PF00560
LRR_1 452-474 aa
PF13855
LRR_8 452-509 aa
PF00560
LRR_1 500-522 aa
PF00069
Pkinase 654-922 aa
PF07714
PK_Tyr_Ser-Thr 656-922 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057773448.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 138 | 160 | 2.9e-34 | 110.4 | Leucine Rich Repeat |
XP_057773448.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 236 | 258 | 2.9e-34 | 110.4 | Leucine Rich Repeat |
XP_057773448.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 452 | 474 | 2.9e-34 | 110.4 | Leucine Rich Repeat |
XP_057773448.1 |
Pfam | PF13855 |
LRR_8 | Repeat | 452 | 509 | 2.5e-22 | 79.1 | Leucine rich repeat |
XP_057773448.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 500 | 522 | 2.9e-34 | 110.4 | Leucine Rich Repeat |
XP_057773448.1 |
Pfam | PF00069 |
Pkinase | Domain | 654 | 922 | 3.3e-47 | 161.8 | Protein kinase domain |
XP_057773448.1 |
Pfam | PF07714 |
PK_Tyr_Ser-Thr | Domain | 656 | 922 | 1.8e-37 | 129.8 | Protein tyrosine and serine/threonine kinase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。