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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001580

染色体: Chr07 坐标: 13012205-13014129 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001580
名称SmilChr07G001580
描述uncharacterized SmilChr07G001580
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向13012205 - 13014129 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992737
GeneID130992737
locus_tag-
NCBI NameLOC130992737
原始查询SmilChr07G001580

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述DNA binding / DNA-directed RNA polymerase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832436]; symbol=AT5G23710; hit=AT5G23710; species=arabidopsis; confidence=medium
产物DNA binding / DNA-directed RNA polymerase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832436]; symbol=AT5G23710; hit=AT5G23710; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G23710 (AT5G23710)
DNA binding / DNA-directed RNA polymerase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832436]
identity=41.4; qcov=0.979; evalue=2.81e-55; confidence=medium
RiceOs06g0603400 (P0486H12.36-1)
-
identity=36; qcov=0.917; evalue=2.06e-46; confidence=medium
GOGO:0005666 (RNA polymerase III complex); GO:0006383 (transcription by RNA polymerase III)
KEGGsmil03020 (RNA polymerase - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF05158 (RNA_pol_Rpc34)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992737

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057773454.1
2 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057773454.1
3 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057773454.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773454.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057773454.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:13013304 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,B94
Chr7:13013369 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773454.1
244 aa
N
1
122
244
RNA_pol_Rpc34
RNA_pol_Rpc34
C
PF05158 RNA_pol_Rpc34 23-130 aa PF05158 RNA_pol_Rpc34 129-241 aa
XP_057773455.1
242 aa
N
1
121
242
RNA_pol_Rpc34
RNA_pol_Rpc34
C
PF05158 RNA_pol_Rpc34 21-128 aa PF05158 RNA_pol_Rpc34 126-239 aa
XP_057773456.1
242 aa
N
1
121
242
RNA_pol_Rpc34
RNA_pol_Rpc34
C
PF05158 RNA_pol_Rpc34 21-128 aa PF05158 RNA_pol_Rpc34 126-239 aa
XP_057773457.1
242 aa
N
1
121
242
RNA_pol_Rpc34
RNA_pol_Rpc34
C
PF05158 RNA_pol_Rpc34 21-128 aa PF05158 RNA_pol_Rpc34 126-239 aa
XP_057773459.1
242 aa
N
1
121
242
RNA_pol_Rpc34
RNA_pol_Rpc34
C
PF05158 RNA_pol_Rpc34 21-128 aa PF05158 RNA_pol_Rpc34 126-239 aa
XP_057773460.1
242 aa
N
1
121
242
RNA_pol_Rpc34
RNA_pol_Rpc34
C
PF05158 RNA_pol_Rpc34 21-128 aa PF05158 RNA_pol_Rpc34 126-239 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773454.1 Pfam PF05158 RNA_pol_Rpc34 Family 23 130 9.4e-39 134.5 RNA polymerase Rpc34 subunit
XP_057773454.1 Pfam PF05158 RNA_pol_Rpc34 Family 129 241 9.4e-39 134.5 RNA polymerase Rpc34 subunit
XP_057773455.1 Pfam PF05158 RNA_pol_Rpc34 Family 21 128 9.1e-39 134.5 RNA polymerase Rpc34 subunit
XP_057773455.1 Pfam PF05158 RNA_pol_Rpc34 Family 126 239 9.1e-39 134.5 RNA polymerase Rpc34 subunit
XP_057773456.1 Pfam PF05158 RNA_pol_Rpc34 Family 21 128 9.1e-39 134.5 RNA polymerase Rpc34 subunit
XP_057773456.1 Pfam PF05158 RNA_pol_Rpc34 Family 126 239 9.1e-39 134.5 RNA polymerase Rpc34 subunit
XP_057773457.1 Pfam PF05158 RNA_pol_Rpc34 Family 21 128 9.1e-39 134.5 RNA polymerase Rpc34 subunit
XP_057773457.1 Pfam PF05158 RNA_pol_Rpc34 Family 126 239 9.1e-39 134.5 RNA polymerase Rpc34 subunit
XP_057773459.1 Pfam PF05158 RNA_pol_Rpc34 Family 21 128 9.1e-39 134.5 RNA polymerase Rpc34 subunit
XP_057773459.1 Pfam PF05158 RNA_pol_Rpc34 Family 126 239 9.1e-39 134.5 RNA polymerase Rpc34 subunit
XP_057773460.1 Pfam PF05158 RNA_pol_Rpc34 Family 21 128 9.1e-39 134.5 RNA polymerase Rpc34 subunit
XP_057773460.1 Pfam PF05158 RNA_pol_Rpc34 Family 126 239 9.1e-39 134.5 RNA polymerase Rpc34 subunit

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917473.1
AGTTGGAGAGGTAACATAAGGGTGTTTTTACATATTAATCCAAAAAAATAACACATCCCTCTCAAAAAGAGATCATATACAGACGCCGGCCGCCACCCACGATTCTTCCTTCGACGACAGAGACATCCATGTTCAGGCCTAACTCCATTTTATACAGTGGAGCCCTAATATTATAAGGCGAGCAAAGCTAGTGGCTAATTGAGATACCTTGAGGTAGCAGCGGCCGAACTCTGCCTGCAGCTGTTGCCACTCTCCGGTTT...
XM_057917474.1
AGTTGGAGAGGTAACATAAGGGTGTTTTTACATATTAATCCAAAAAAATAACACATCCCTCTCAAAAAGAGATCATATACAGACGCCGGCCGCCACCCACGATTCTTCCTTCGACGACAGAGACATCCATGTTCAGGCCTTGGAGCCCTAATATTATAAGGCGAGCAAAGCTAGTGGCTAATTGAGATACCTTGAGGTAGCAGCGGCCGAACTCTGCCTGCAGCTGTTGCCACTCTCCGGTTTTCTCCAGTCTTGGAGGT...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC130992737
ATGCGCATGAGTCGGGCGGTTGGTGCATCCGGCAAGCGGAAGAGAGGTGCAGCAGGTGCACCACCTCTATCAAGTGATGAGCAGAAGATCCTTGATTTGATCCTCAGCAAAGAGGGTTCAGGCATTCATGCGACAGAGATCAAGTATCAGACTAAGATCCCTAACCCCGTCGTCAATAAAGCAATCAAGACTCTGGAGGCTAAAGCCCTTATTAAAGAGGTGAAAGGCATTCATCGAGGGGGTGCAGCAAGGAAAATCTA...
LOC130992737
ATGAGTCGGGCGGTTGGTGCATCCGGCAAGCGGAAGAGAGGTGCAGCAGGTGCACCACCTCTATCAAGTGATGAGCAGAAGATCCTTGATTTGATCCTCAGCAAAGAGGGTTCAGGCATTCATGCGACAGAGATCAAGTATCAGACTAAGATCCCTAACCCCGTCGTCAATAAAGCAATCAAGACTCTGGAGGCTAAAGCCCTTATTAAAGAGGTGAAAGGCATTCATCGAGGGGGTGCAGCAAGGAAAATCTACATGGG...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057773454.1
MRMSRAVGASGKRKRGAAGAPPLSSDEQKILDLILSKEGSGIHATEIKYQTKIPNPVVNKAIKTLEAKALIKEVKGIHRGGAARKIYMGADFTPSDVVSGGVWYSEGKIDTQFVDSLKDICCLLVKKSKVATLEGLHKIVQERRVAKVDIPMPQLAELLTSMVLDNKLVEVKSNGLGDFSGIPIGETCYKLPSAAAGGAAETSIIGAFASIPCGMCPRIALCTPGGVISPTTCVYYNKWLDIKL
XP_057773455.1
MSRAVGASGKRKRGAAGAPPLSSDEQKILDLILSKEGSGIHATEIKYQTKIPNPVVNKAIKTLEAKALIKEVKGIHRGGAARKIYMGADFTPSDVVSGGVWYSEGKIDTQFVDSLKDICCLLVKKSKVATLEGLHKIVQERRVAKVDIPMPQLAELLTSMVLDNKLVEVKSNGLGDFSGIPIGETCYKLPSAAAGGAAETSIIGAFASIPCGMCPRIALCTPGGVISPTTCVYYNKWLDIKL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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