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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001597

染色体: Chr07 坐标: 13304745-13306400 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001597
名称SmilChr07G001597
描述uncharacterized SmilChr07G001597
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向13304745 - 13306400 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995306
GeneID130995306
locus_tag-
NCBI NameLOC130995306
原始查询SmilChr07G001597

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述DNA binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820401]; symbol=AT3G12210; hit=AT3G12210; species=arabidopsis; confidence=high
产物DNA binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820401]; symbol=AT3G12210; hit=AT3G12210; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G12210 (AT3G12210)
DNA binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820401]
identity=64; qcov=0.991; evalue=5.47e-87; confidence=high
RiceOs03g0728600
-
identity=57.5; qcov=0.343; evalue=2.31e-19; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995306

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057776527.1
2 Nucleolus 核仁 0.80000 XP_057776527.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776527.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776527.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057776527.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:13305048 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:13305055 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B15,B86,C10
Chr7:13305103 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B91,C19,D5
Chr7:13305103 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B91,C19,D5
Chr7:13306226 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920544.1
ACTGTCGGAGCAATTGCGTTGGAGAAATTTGCGGAAGGGAAATTTGAAATATTTTATCGACAGCACCACCGCCTCTACAATGGACTTCAAATCACCGGACGCCGCTCTCTGGAGAGAAACCCTCCTCTCCTACGAATCGGTAATTAAAAACCTAGGGAAGCCCGACCTCATTTCCCACGACGATTTTTACCGCAAAGAGCTCCCAGCTCTGCTCCACCAGCGCGACCCCGATCCCTACCTCACCACCGCCGAACTCTCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995306
ATGGACTTCAAATCACCGGACGCCGCTCTCTGGAGAGAAACCCTCCTCTCCTACGAATCGGTAATTAAAAACCTAGGGAAGCCCGACCTCATTTCCCACGACGATTTTTACCGCAAAGAGCTCCCAGCTCTGCTCCACCAGCGCGACCCCGATCCCTACCTCACCACCGCCGAACTCTCCAGGCTGATGGAGTGGAAGCTCTCCCGCGGCAAGTGGCGCCCGCGCTTGCTGTCCTTCGTCTCCTCCCTCGACGACGCACT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776527.1
MDFKSPDAALWRETLLSYESVIKNLGKPDLISHDDFYRKELPALLHQRDPDPYLTTAELSRLMEWKLSRGKWRPRLLSFVSSLDDALVRDASRKAFAALPDVSKAVSGLTVLKGVGPATASAVLAAYAPHVAPFMSDEAMTAVIGNSKDYSLKRYVAFVEKMQDKAKELSSPDDIFTPSDVERALWSCSAAAKVRTKADDVESERKSKRRRKQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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