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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001601

染色体: Chr07 坐标: 13369224-13370279 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001601
名称SmilChr07G001601
描述uncharacterized SmilChr07G001601
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向13369224 - 13370279 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993836
GeneID130993836
locus_tag-
NCBI NameLOC130993836
原始查询SmilChr07G001601

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
产物zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G01050 (AT2G01050)
zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]
identity=26; qcov=0.701; evalue=4.22e-22; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF14111 (DUF4283)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993836

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057774856.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057774856.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774856.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774856.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774856.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:13369230 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 C70,C9
Chr7:13369230 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C70,C9
Chr7:13369266 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B30,B43,B80,C35
Chr7:13369271 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A5,B59,C53,D1
Chr7:13369320 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,B15,B86,C10,D10
Chr7:13369330 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A4,B23,B88,C62,C80
Chr7:13369373 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,C8
Chr7:13369376 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B122,B129,B78,C33
Chr7:13369378 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A4,B23,B88,C62,C80
Chr7:13369390 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B64,C18,C82
Chr7:13369419 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A4,B23,B88,C62,C80
Chr7:13369453 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B14,C29,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774856.1
351 aa
N
1
176
351
DUF4283
C
PF14111 DUF4283 112-175 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774856.1 Pfam PF14111 DUF4283 Domain 112 175 1.4e-07 31.8 Domain of unknown function (DUF4283)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918873.1
ATGAACCGAGATTTTGGATTTATTTTCCCGAAAGCGGCTGCACCGCCGTTACTTACTCCAGCAGCAGAAAACGCCCAGGGGACGGCTAAGGCCTATCGGAATCACGCTCATGCTCGTACTATCAATACTTCTTTTGTGGACAAAGTTAAGGGGCGTGTTGCTCGTCCGGCGGATGTGCCGGCTCATGATTTTTCCGTGCTCCGGCCGAGCTTGGTGGATAACAAACCTTGTCTCATCATCTCTCAGGAGTTCCACCAACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993836
ATGAACCGAGATTTTGGATTTATTTTCCCGAAAGCGGCTGCACCGCCGTTACTTACTCCAGCAGCAGAAAACGCCCAGGGGACGGCTAAGGCCTATCGGAATCACGCTCATGCTCGTACTATCAATACTTCTTTTGTGGACAAAGTTAAGGGGCGTGTTGCTCGTCCGGCGGATGTGCCGGCTCATGATTTTTCCGTGCTCCGGCCGAGCTTGGTGGATAACAAACCTTGTCTCATCATCTCTCAGGAGTTCCACCAACG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774856.1
MNRDFGFIFPKAAAPPLLTPAAENAQGTAKAYRNHAHARTINTSFVDKVKGRVARPADVPAHDFSVLRPSLVDNKPCLIISQEFHQRQVWSFHHALHGRLLLRKGHSPRFANDLFSELNALWHPKCSWQIIPLGRGFFTLKFSSPEDSAITFARTTWRLSTRILHLQAWVPNFDPYKAASTLSQVWIRVFNLSHEYWHPEVLSGIARHIGKPIIIDGISANVVVGQFAHILVDMDVSADVSDVLDVKCVDIVFSIEFGYK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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