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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001606`

染色体: Chr07 坐标: 13406867-13423779 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001606`
名称	SmilChr07G001606
描述	pre-mRNA-processing protein 40A
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	13406867 - 13423779 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995313`
GeneID	`130995313`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995313`
原始查询	`SmilChr07G001606`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pre-mRNA-processing protein 40A
产物	pre-mRNA-processing protein 40A
Arabidopsis	`AT1G44910` (PRP40A) pre-mRNA-processing protein 40A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841057] identity=51.2; qcov=0.986; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0532200` - identity=56.4; qcov=0.291; evalue=3.55e-111; confidence=weak
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0005685 (U1 snRNP); GO:0045292 (mRNA cis splicing, via spliceosome); GO:0071004 (U2-type prespliceosome)
KEGG	smil03040 (Spliceosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00397 (WW); PF01846 (FF); PF25432 (FF_PRPF40A)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995313

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057776533.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.80000	`XP_057776533.1`
3	Nuclear speckle	核斑点	0.60000	`XP_057776533.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057776533.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057776533.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:13407927`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39
`Chr7:13408145`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A5,C53,D1
`Chr7:13408216`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C65,C7
`Chr7:13414664`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A5,B59,B87,C53,D1
`Chr7:13415025`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A15,B4
`Chr7:13415032`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A5,B59,B87,C53,D1
`Chr7:13415999`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B69,C23
`Chr7:13416354`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B68,C82
`Chr7:13418983`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B14,C29,C43,C65,C82
`Chr7:13421461`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A5,B59,B87,C53,D1
`Chr7:13423149`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B48,B8
`Chr7:13423188`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A15,B4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776533.1

1022 aa

511

1022

FF_PRPF40A

PF00397 WW 206-233 aa PF00397 WW 249-274 aa PF01846 FF 453-502 aa PF01846 FF 520-570 aa PF01846 FF 589-637 aa PF01846 FF 662-717 aa PF25432 FF_PRPF40A 725-784 aa

XP_057776534.1

1018 aa

509

1018

FF_PRPF40A

PF00397 WW 206-233 aa PF00397 WW 249-274 aa PF01846 FF 449-498 aa PF01846 FF 516-566 aa PF01846 FF 585-633 aa PF01846 FF 658-713 aa PF25432 FF_PRPF40A 721-780 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057776533.1`	Pfam	`PF00397`	WW	Domain	206	233	9.5e-18	64.7	WW domain
`XP_057776533.1`	Pfam	`PF00397`	WW	Domain	249	274	9.5e-18	64.7	WW domain
`XP_057776533.1`	Pfam	`PF01846`	FF	Family	453	502	2.5e-53	178.6	FF domain
`XP_057776533.1`	Pfam	`PF01846`	FF	Family	520	570	2.5e-53	178.6	FF domain
`XP_057776533.1`	Pfam	`PF01846`	FF	Family	589	637	2.5e-53	178.6	FF domain
`XP_057776533.1`	Pfam	`PF01846`	FF	Family	662	717	2.5e-53	178.6	FF domain
`XP_057776533.1`	Pfam	`PF25432`	FF_PRPF40A	Domain	725	784	4.7e-19	68.7	PRPF40A-like, FF domain
`XP_057776534.1`	Pfam	`PF00397`	WW	Domain	206	233	9.4e-18	64.7	WW domain
`XP_057776534.1`	Pfam	`PF00397`	WW	Domain	249	274	9.4e-18	64.7	WW domain
`XP_057776534.1`	Pfam	`PF01846`	FF	Family	449	498	2.5e-53	178.7	FF domain
`XP_057776534.1`	Pfam	`PF01846`	FF	Family	516	566	2.5e-53	178.7	FF domain
`XP_057776534.1`	Pfam	`PF01846`	FF	Family	585	633	2.5e-53	178.7	FF domain
`XP_057776534.1`	Pfam	`PF01846`	FF	Family	658	713	2.5e-53	178.7	FF domain
`XP_057776534.1`	Pfam	`PF25432`	FF_PRPF40A	Domain	721	780	4.7e-19	68.7	PRPF40A-like, FF domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057920550.1
ATTTAGTTTTTTCATCTTGACCCAACCCACTAAACATTTTTGGTAAGGTAGCACGCTCCAGCGATTTGAATCAACTGGGGGTTTCGGTTTGCTCCTATCCTAGGGTTTATACCTAACTGGACAAAAAATTTCTGTATCTGAAACTGTTCCGTCCGGCGATCTGTTTTTTCCCGGTGTCTAAGTTTACTTGCCGCAGGCATGACAAGTAACCCGCCACCATCCGGTTCACAGTCACATTGGCCACATCCTGCATCTGGATC...

XM_057920551.1
ATTTAGTTTTTTCATCTTGACCCAACCCACTAAACATTTTTGGTAAGGTAGCACGCTCCAGCGATTTGAATCAACTGGGGGTTTCGGTTTGCTCCTATCCTAGGGTTTATACCTAACTGGACAAAAAATTTCTGTATCTGAAACTGTTCCGTCCGGCGATCTGTTTTTTCCCGGTGTCTAAGTTTACTTGCCGCAGGCATGACAAGTAACCCGCCACCATCCGGTTCACAGTCACATTGGCCACATCCTGCATCTGGATC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130995313
ATGACAAGTAACCCGCCACCATCCGGTTCACAGTCACATTGGCCACATCCTGCATCTGGATCCACGGCTCCTCAGAGTTTTGCTCCTCCATATCCTATGCAATTCCGTCCTGCCTCACAGGCTTCACAAGGCCAACCTTTTATGTCTCCACAAACTACTCCACAGTTTCATCCATCAGGACAACCACAAAATATGGGGATACCTCCAGGTCAAGGTCAACCACTTCAATTTTCTCAACCAATGCAACAGTTTATGTCACG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057776533.1
MTSNPPPSGSQSHWPHPASGSTAPQSFAPPYPMQFRPASQASQGQPFMSPQTTPQFHPSGQPQNMGIPPGQGQPLQFSQPMQQFMSRPPQGGHGAPSSYPQSMPMPSGMAQAQSTAPGQGVPFSSPYTYAPSSFGLPQTGISMPPQFQASSQMSMPVGSTGAQPWMHSNQGTPIVAPLQQGSLQSFPTTTTVPAVNGSSTAQQSASDWQEYDAADGRRYYYNKTTKQSSWEKPLELMTPLERADASTVWKEFTTPEGRKY...

XP_057776534.1
MTSNPPPSGSQSHWPHPASGSTAPQSFAPPYPMQFRPASQASQGQPFMSPQTTPQFHPSGQPQNMGIPPGQGQPLQFSQPMQQFMSRPPQGGHGAPSSYPQSMPMPSGMAQAQSTAPGQGVPFSSPYTYAPSSFGLPQTGISMPPQFQASSQMSMPVGSTGAQPWMHSNQGTPIVAPLQQGSLQSFPTTTTVPAVNGSSTAQQSASDWQEYDAADGRRYYYNKTTKQSSWEKPLELMTPLERADASTVWKEFTTPEGRKY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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