Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001612`

染色体: Chr07 坐标: 13527767-13534259 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001612`
名称	SmilChr07G001612
描述	WD repeat-containing protein PCN-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	13527767 - 13534259 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995318`
GeneID	`130995318`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995318`
原始查询	`SmilChr07G001612`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	WD repeat-containing protein PCN-like
产物	WD repeat-containing protein PCN-like
Arabidopsis	`AT4G07410` (PCN) Transducin family protein / WD-40 repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826172] identity=61.1; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0735100` (OsWD40-87) - identity=57.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0010073 (meristem maintenance); GO:0035266 (meristem growth)
KEGG	smil03008 (Ribosome biogenesis in eukaryotes - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00400 (WD40)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995318

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057776544.1`
2	Nucleolus	核仁	0.20000	`XP_057776544.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057776544.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057776544.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057776544.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:13528085`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1
`Chr7:13528292`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B53,B73
`Chr7:13528825`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C34,D6
`Chr7:13528867`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B91
`Chr7:13528935`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B91
`Chr7:13529320`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A23,B15,B86,C10
`Chr7:13529843`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C2
`Chr7:13530274`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B68,C82
`Chr7:13530382`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B113,B97
`Chr7:13530471`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B69,C23,C46
`Chr7:13530525`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr7:13530801`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B91

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776544.1

818 aa

409

818

WD40

PF00400 WD40 51-95 aa PF00400 WD40 212-236 aa PF00400 WD40 290-326 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057776544.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	51	95	6.8e-18	65.0	WD domain, G-beta repeat
`XP_057776544.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	212	236	6.8e-18	65.0	WD domain, G-beta repeat
`XP_057776544.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	290	326	6.8e-18	65.0	WD domain, G-beta repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057920561.1
AACAGGTAACTGGACTGCAATCGACCCGGAAATAGTATTTGGATCCAACCCGACCCGGTATATATGGTCCGCGGGTGTGCCCTTAAACCCTCAAAAACCTACTTTGATTTCTGTTCGCCCACCTCGTCCGCCCCAGCCCTCATTTTCTCTCATGCTGCTTCTCTCAACTCCCTAAATCTCGAAAAGATTCGATCAACGGAAAATGCTCAAGGTTCACAGGATCAACTCGGTGGAGTGGAATCCGTCGCCCGTCGTAGCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995318
ATGCTCAAGGTTCACAGGATCAACTCGGTGGAGTGGAATCCGTCGCCCGTCGTAGCCCTAGCCACCAGCGCCGACAGCTCACAGGTCGCCGCCGCCCGCGCCGACGGCTCGCTCGAGATTTGGCTCGTCTCTCCCGGCTCCGTTGGCTGGCACTGTCAGCTTACAATACACGGGGACCCTAATTCTAGAGTGTCTTCGCTGGTGTGGTGTCAGTCCGGGCCGAGGGGTGGACCGTTGGGCCGATTGTTGTCTTCCAGTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057776544.1
MLKVHRINSVEWNPSPVVALATSADSSQVAAARADGSLEIWLVSPGSVGWHCQLTIHGDPNSRVSSLVWCQSGPRGGPLGRLLSSSIDGSISEWDLFDLKQKEVLGSIGVSIWQIAAEPCNDLHQNGRQETKSYQNGHTSPSITSDVDDEENSESEDENDNKHAVLVHEQNDAESTRLAAACDDGCVRIYSVSDAEELIYNRTLPRVSGRTLSVTWSSDGNRIYSGSSDGFIRCWDVKLAREIYRITVGHGCLAGGNDLC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器