当前解析结果
SmilChr07G001624| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001624 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001624 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G001624 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 13615469 - 13618571 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130995327 |
|---|---|
| GeneID | 130995327 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995327 |
| 原始查询 | SmilChr07G001624 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF09331 (DUF1985) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995327 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057776559.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.40000 | XP_057776559.1 |
| 3 | Nucleoplasm | 核质 | 0.20000 | XP_057776559.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057776559.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057776559.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:13616124 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C69 |
Chr7:13616273 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B68 |
Chr7:13616298 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B68 |
Chr7:13616319 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C2,C87 |
Chr7:13616324 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B105 |
Chr7:13616357 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C38 |
Chr7:13616530 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | A16 |
Chr7:13616530 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | A16 |
Chr7:13616745 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B67,B77,C46 |
Chr7:13616751 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B43,B74,C78 |
Chr7:13617331 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B130,C54 |
Chr7:13617443 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A4 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057776559.1PF09331
DUF1985 29-159 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057776559.1 |
Pfam | PF09331 |
DUF1985 | Family | 29 | 159 | 5.1e-13 | 49.9 | Domain of unknown function (DUF1985) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。