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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001628`

染色体: Chr07 坐标: 13643919-13650662 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001628`
名称	SmilChr07G001628
描述	polyadenylation and cleavage factor homolog 4
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	13643919 - 13650662 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995330`
GeneID	`130995330`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995330`
原始查询	`SmilChr07G001628`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	polyadenylation and cleavage factor homolog 4
产物	polyadenylation and cleavage factor homolog 4
Arabidopsis	`AT4G04885` (PCFS4) PCF11P-similar protein 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825827] identity=47.7; qcov=0.429; evalue=2.22e-95; confidence=low
Rice	`Os08g0187700` - identity=41.3; qcov=0.429; evalue=2.01e-68; confidence=low
GO	GO:0000993 (RNA polymerase II complex binding); GO:0003729 (mRNA binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005849 (mRNA cleavage factor complex); GO:0006369 (termination of RNA polymerase II transcription); GO:0006378 (GO:0006378)
KEGG	smil03015 (mRNA surveillance pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF04818 (CID); PF23228 (zf_PCFS4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995330

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057776560.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057776560.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057776560.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057776560.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057776560.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:13644507`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr7:13646148`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B86
`Chr7:13647935`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B44,D11
`Chr7:13648153`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C26
`Chr7:13648787`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	9	B34,B54,B80,C28,C30,C35,C40,C81,D9
`Chr7:13648788`	`C`	`CCG`	2bp_insertion	frameshift_variant	9	B34,B54,B80,C28,C30,C35,C40,C81,D9
`Chr7:13649021`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B118,C77
`Chr7:13649414`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr7:13650198`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B106
`Chr7:13650206`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B21,C26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776560.1

954 aa

477

954

CID

zf_PCFS4

PF04818 CID 78-183 aa PF23228 zf_PCFS4 859-925 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057776560.1`	Pfam	`PF04818`	CID	Repeat	78	183	6e-11	43.4	CID domain
`XP_057776560.1`	Pfam	`PF23228`	zf_PCFS4	Domain	859	925	3.7e-29	100.9	PCFS4 zinc finger domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057920577.1
AGATCGTGTCCAAAAAAACAAGAAGAGAGAGAGAGAGAAAAACGAAAGCAAAAACAAAAAAAGAAAAGGGAAAAGAAATAGAGCTTCGTCTCTCCCCTCCCAAACCCCCCGCTTACCATCTCCTTCCTCCCTCTGTTGCATAGGTGGTTCGCCGCAGATCTCAACCCTCCTCCGCCGTCGCCGCCGTCAATTAACACTCCGGCCGCCTCTCTATCTCTCTCATCGCCCATCGCCTTCTCCTTTTGTATCCTCTCGGTGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995330
ATGGACCGGAGTTCGAGATTTCAGAACCCTGTGCATCTGAGCAGCGGGGGTTTTAGCAAGCCTCCACCAATCCAGAACGACGGCGTTGGGATGAAGCCACTTCCGCCCTTGCTTCTCGATAGATTTAGGGCCATGGTGAAAGAGAGAGAGGAAGAACTTAGGGTTTTTGGTGGCGCCGCTGTTTATCCGTTGAGCACTGACGAAATTGTTCGCCTTTATGAGATTGTGTTGTCGGAGCTCACTATCAATTCGAAGCCCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057776560.1
MDRSSRFQNPVHLSSGGFSKPPPIQNDGVGMKPLPPLLLDRFRAMVKEREEELRVFGGAAVYPLSTDEIVRLYEIVLSELTINSKPIITDLTIIAGEQRAHGEGIAGAICSRIIEVPVDHKLPSLYLLDSIVKNIGKEYIKFFSARLPEVFCEAYTQVHPSMHQAMRHLFGTWSTVFPLSVLQKIETQLQFSPPVNGQSSGLSSSRASESPRPTHGIHINPKYLEAQRQFGQSSPDPFGTEGVSSTGRAGLTTSGADAVK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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