Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001634`

染色体: Chr07 坐标: 13728954-13741579 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001634`
名称	SmilChr07G001634
描述	uncharacterized SmilChr07G001634
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	13728954 - 13741579 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995337`
GeneID	`130995337`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995337`
原始查询	`SmilChr07G001634`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os11g0645200; species=rice; confidence=high
产物	hit=Os11g0645200; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G04420` (AT1G04420) NAD(P)-linked oxidoreductase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839524] identity=47.4; qcov=0.929; evalue=1.34e-86; confidence=high
Rice	`Os11g0645200` - identity=63.1; qcov=0.942; evalue=7.04e-143; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00248 (Aldo_ket_red)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995337

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057776569.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057776569.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057776569.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057776569.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057776569.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:13732790`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B103,B44,B78,D10
`Chr7:13732813`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	A18,B123
`Chr7:13732813`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,B123
`Chr7:13732833`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,B123
`Chr7:13732834`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B6
`Chr7:13739443`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,B123
`Chr7:13739484`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B111,C2,C5
`Chr7:13739666`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B132,B55,C25,C33,C37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776569.1

357 aa

178

357

Aldo_ket_red

PF00248 Aldo_ket_red 16-348 aa

XP_057776570.1

325 aa

162

325

Aldo_ket_red

PF00248 Aldo_ket_red 16-304 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057776569.1`	Pfam	`PF00248`	Aldo_ket_red	Domain	16	348	1.2e-63	215.6	Aldo/keto reductase family
`XP_057776570.1`	Pfam	`PF00248`	Aldo_ket_red	Domain	16	304	6.3e-53	180.4	Aldo/keto reductase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA

XR_009092125.1
AAATCATTATTGATCATCTAAAAATAAAATACGATTCCTAAAGATTTGAAACTTTTTTTTAAAGCGAGATTTGAACCTTTCTTGTTCATTTGGTTAATCATGTTGTGCAGCAAAACTTCCCATCCATACACCAAAAAGTGCAAAATCTACACAAACGACTTTGTGGTCAAACGGAATTCACACATTATCTAAAACCACCGGCGGACTTCCAAAACCTCTGTTATTCCATGGCGGTGCCGCTCTTCAATCTCTCTCCCGAT...

XR_009092127.1
AATCATTATTGATCATCTAAAAATAAAATACGATTCCTAAAGATTTGAAACTTTTTTTTAAAGCGAGATTTGAACCTTTCTTGTTCATTTGGTTAATCATGTTGTGCAGCAAAACTTCCCATCCATACACCAAAAAGTGCAAAATCTACACAAACGACTTTGTGGTCAAACGGAATTCACACATTATCTAAAACCACCGGCGGACTTCCAAAACCTCTGTTATTCCATGGCGGTGCCGCTCTTCAATCTCTCTCCCGATT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130995337
ATGGCGGTGCCGCTCTTCAATCTCTCTCCCGATTTGGTTGTCTCAAGACTCTGCCTAGGGACCATGACGTTCGGCGAACAGAACTCTCTGCCCCAGTCCTTCCAGCTCCTCGACAAAGCCTTCCAATCCGGAATCAATTTCTTCGACTCCGCCGAAATGTATCCCGTGCCGCAGCGTGCCGAGACTCAAGGCAGGAGCGAGGAATATCTCGGACGTTGGATTCGGTCTCGTAATATCCCGCGAGATCGTGTAGTGCTTGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057776569.1
MAVPLFNLSPDLVVSRLCLGTMTFGEQNSLPQSFQLLDKAFQSGINFFDSAEMYPVPQRAETQGRSEEYLGRWIRSRNIPRDRVVLATKVCGPSGQMTWIRNGPESIDSRNIAEALDNSLLRLQSDYIDLYQLHWPDRYVPMFGETEFDSHRTFPSVSFEEQLIALDKAICSGKIRYIGLSNETPYGLMKFLHVAEGVSSNARVVSVQNAYNLLCRNFDSGMAECCHHERVSLLAYSPLAMGILSGKYLSLDGGPSDARL...

XP_057776570.1
MAVPLFNLSPDLVVSRLCLGTMTFGEQNSLPQSFQLLDKAFQSGINFFDSAEMYPVPQRAETQGRSEEYLGRWIRSRNIPRDRVVLATKVCGPSGQMTWIRNGPESIDSRNIAEALDNSLLRLQSDYIDLYQLHWPDRYVPMFGETEFDSHRTFPSVSFEEQLIALDKAICSGKIRYIGLSNETPYGLMKFLHVAEGVSSNARVVSVQNAYNLLCRNFDSGMAECCHHERVSLLAYSPLAMGILSGKYLSLDGGPSDARL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器