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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001639

染色体: Chr07 坐标: 13829470-13833141 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001639
名称SmilChr07G001639
描述wee1-like protein kinase
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向13829470 - 13833141 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995343
GeneID130995343
locus_tag-
NCBI NameLOC130995343
原始查询SmilChr07G001639

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述wee1-like protein kinase
产物wee1-like protein kinase
ArabidopsisAT1G02970 (WEE1)
WEE1-like kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839453]
identity=57.6; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0135300 (Ores)
-
identity=59.4; qcov=0.88; evalue=1.21e-177; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995343

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057776576.1
2 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057776576.1
3 Nuclear body 核内小体 0.40000 XP_057776576.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057776576.1
5 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057776576.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:13829907 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B135
Chr7:13829922 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B135,B26,C28,C5,C82
Chr7:13829935 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B26,C28,C5,C82
Chr7:13830573 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C33,C46
Chr7:13831306 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr7:13831972 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:13831986 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B25,C16

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776576.1
482 aa
N
1
241
482
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 228-471 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 231-468 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776576.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 228 471 2.1e-48 165.7 Protein kinase domain
XP_057776576.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 231 468 9.2e-25 88.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920593.1
TCGAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGAGAGAGTTGATGAGGAGAAAAGCTCGGGGCGGAAAAGGGAGCAGCAATACGAAGAGCCGGAACAGCGTCATGGTGAAAGGCACGTTGTCGAATCATTTGATGGTGCAGCTGGATCAAGTCTCGCTGAAGCCCTCCCGGTTCCAGAAGCTTCTCGAATCTGAAGCTCATTCCGACACCATGCCCCTCGATTTCGATGCCGATGCCGCCGACGACAAAGATTTCATCCTCAGCCAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995343
ATGAGGAGAAAAGCTCGGGGCGGAAAAGGGAGCAGCAATACGAAGAGCCGGAACAGCGTCATGGTGAAAGGCACGTTGTCGAATCATTTGATGGTGCAGCTGGATCAAGTCTCGCTGAAGCCCTCCCGGTTCCAGAAGCTTCTCGAATCTGAAGCTCATTCCGACACCATGCCCCTCGATTTCGATGCCGATGCCGCCGACGACAAAGATTTCATCCTCAGCCAGGATTTCTTCTGTACCCCTGATTATATTACTCCGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776576.1
MRRKARGGKGSSNTKSRNSVMVKGTLSNHLMVQLDQVSLKPSRFQKLLESEAHSDTMPLDFDADAADDKDFILSQDFFCTPDYITPEMPAIGSNLDWSKENIQCPKSPEKFKTVRSKRQKLEVDLKTSFGSSDIGHPPFEDLGMDTLRTAGVKIETPVELQNSRGGYVSQSAVALRCRVMPPPCLKNPYAKNASDFDADPFSNQRSKCAGYYSAGIGGDGLSRYRTDFHEIEKIGSGNFNHVFKVLKRIEGCMYAVKISM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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