当前解析结果
SmilChr07G001646| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001646 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001646 |
| 描述 | uncharacterized protein Os08g0359500-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 13888589 - 13891865 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130995347 |
|---|---|
| GeneID | 130995347 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995347 |
| 原始查询 | SmilChr07G001646 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0359500; species=rice; confidence=medium |
| 产物 | hit=Os08g0359500; species=rice; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT4G02450 (AT4G02450)HSP20-like chaperones superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828006] identity=66.4; qcov=0.539; evalue=1.96e-54; confidence=medium |
| Rice | Os08g0359500- identity=68.7; qcov=0.565; evalue=3.95e-65; confidence=medium |
| GO | GO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0006457 (protein folding); GO:0051087 (protein-folding chaperone binding); GO:0051131 (chaperone-mediated protein complex assembly); GO:0051879 (Hsp90 protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04969 (CS) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995347 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057776583.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057776583.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057776583.1 |
| 4 | Nucleoplasm | 核质 | 0.40000 | XP_057776583.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057776583.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:13888852 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A6,B61,B77 |
Chr7:13888918 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C77 |
Chr7:13888926 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B132,B55,C25,C33,C37 |
Chr7:13889917 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A11,A8,B104,B133 |
Chr7:13890252 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C37 |
Chr7:13890690 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C33 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057776583.1PF04969
CS 5-81 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057776583.1 |
Pfam | PF04969 |
CS | Domain | 5 | 81 | 8.2e-09 | 37.0 | CS domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。