Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001662`

染色体: Chr07 坐标: 14063681-14065840 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001662`
名称	SmilChr07G001662
描述	stress-related protein-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	14063681 - 14065840 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995362`
GeneID	`130995362`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995362`
原始查询	`SmilChr07G001662`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	stress-related protein-like
产物	stress-related protein-like
Arabidopsis	`AT3G05500` (AT3G05500) Rubber elongation factor protein (REF) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819715] identity=52.4; qcov=0.799; evalue=5.05e-78; confidence=high
Rice	`Os07g0671800` - identity=51.1; qcov=0.799; evalue=1.47e-71; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF05755 (REF)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995362

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057776603.1`
2	Endoplasmic reticulum	内质网	0.40000	`XP_057776603.1`
3	Lipid droplet	脂滴	0.20000	`XP_057776603.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057776603.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057776603.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:14063724`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	44	A21,A4,A5,A9,B103,B104,B115,B124,B125,B126,B128,B132,B140,B21,B41,B46,B5,B51,B54,B62,B68,B78,B81,B85,B93,B95,B99,C17,C19,C35,C37,C39,C42,C58,C63,C70,C74,C79,C80,C82,D10,D5,D6,D7
`Chr7:14063733`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	64	A21,A4,A5,A9,B102,B103,B104,B105,B115,B124,B125,B126,B128,B132,B134,B140,B15,B16,B21,B29,B41,B42,B43,B45,B46,B5,B51,B54,B62,B64,B68,B76,B78,B81,B85,B86,B93,B95,B97,B99,C17,C19,C23,C35,C37,C39,C42,C46,C47,C58,C63,C70,C74,C76,C79,C80,C82,C84,C86,D10,D5,D6,D7,D9
`Chr7:14063829`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	86	A10,A16,A21,A3,A4,A5,A9,B103,B104,B112,B115,B124,B125,B126,B128,B13,B131,B135,B140,B21,B24,B27,B29,B34,B38,B39,B41,B5,B51,B53,B54,B60,B62,B68,B69,B71,B72,B78,B80,B81,B85,B88,B9,B90,B91,B92,B93,B95,B99,C1,C16,C17,C19,C20,C22,C23,C25,C33,C37,C39,C41,C42,C46,C47,C5,C53,C58,C6,C60,C63,C7,C70,C71,C74,C79,C80,C82,C83,C87,D1,D11,D2,D3,D5,D6,D7
`Chr7:14064255`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	D6
`Chr7:14064255`	`GT`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	D6
`Chr7:14065351`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B106,B108
`Chr7:14065429`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C80
`Chr7:14065509`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B132,C33

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776603.1

289 aa

144

289

REF

PF05755 REF 65-272 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057776603.1`	Pfam	`PF05755`	REF	Family	65	272	2.7e-87	292.7	Rubber elongation factor protein (REF)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057920620.1
CAACTAATATTTTGATTGCCCACACAAATGGAGGAGAAAACCCTCCTTATAAATTTGCGAAAACAACGTCATCTTCTAACTTCTTCACTCCACTCCCACATCTCGCCAATCTCTCTTTTAAATCTCACTTATTTTTATTTGATTTTTCATTTTTTTTCTCTCAACTCGATGGCGGAACCGGAAGCCACTCCAGTGCTCTCCGATCAACCGGTTTTGGAAAACGAGGAGAAGAAGCTGAAATATCTGGATTTCGTTCTAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995362
ATGGAGGAGAAAACCCTCCTTATAAATTTGCGAAAACAACGTCATCTTCTAACTTCTTCACTCCACTCCCACATCTCGCCAATCTCTCTTTTAAATCTCACTTATTTTTATTTGATTTTTCATTTTTTTTCTCTCAACTCGATGGCGGAACCGGAAGCCACTCCAGTGCTCTCCGATCAACCGGTTTTGGAAAACGAGGAGAAGAAGCTGAAATATCTGGATTTCGTTCTAGTTGCGGCGGCGCACGTCGTCGTATGCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057776603.1
MEEKTLLINLRKQRHLLTSSLHSHISPISLLNLTYFYLIFHFFSLNSMAEPEATPVLSDQPVLENEEKKLKYLDFVLVAAAHVVVCFSTLYEYAKENSGPLRPGVQTVEGTVRTVIGPVYEKFHNVPSDLLRFVDRKVDESVTELDHHVPVLLKQFTSRAWAAAQGLASEVQREGLADTASNMAKNACVEYGPTAKALYADYEPVAEQYAVAVWRALNDLPLFAQVAHIMVPTAAHWAEKYNQSVADAAEKGYALSHYFP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器