Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001681`

染色体: Chr07 坐标: 14241679-14244026 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001681`
名称	SmilChr07G001681
描述	60S ribosomal protein L18-2-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	14241679 - 14244026 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995377`
GeneID	`130995377`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995377`
原始查询	`SmilChr07G001681`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	60S ribosomal protein L18-2-like
产物	60S ribosomal protein L18-2-like
Arabidopsis	`AT3G05590` (RPL18) ribosomal protein L18 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819725] identity=83.4; qcov=1; evalue=1.21e-114; confidence=high
Rice	`Os03g0341100` - identity=78.1; qcov=1; evalue=6.83e-106; confidence=high
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation); GO:0022625 (cytosolic large ribosomal subunit)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00828 (Ribosomal_L27A); PF17135 (Ribosomal_L18)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995377

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057776629.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057776629.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057776629.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057776629.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057776629.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:14242053`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B6,C24
`Chr7:14242164`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A18,B109,B35,B59
`Chr7:14242952`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B107
`Chr7:14242999`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr7:14243713`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A9,B73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776629.1

187 aa

187

Ribosomal_L18

Ribosomal_L27A

PF17135 Ribosomal_L18 2-187 aa PF00828 Ribosomal_L27A 94-119 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057776629.1`	Pfam	`PF17135`	Ribosomal_L18	Family	2	187	8.6e-91	303.2	Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e
`XP_057776629.1`	Pfam	`PF00828`	Ribosomal_L27A	Domain	94	119	4.5e-06	27.7	Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057920646.1
GTCCTAAACTTTGGGCCTTGCACCTCAAATCCGTATATGTAAATGGGCTTACTAAAATTAAAATTGTGGTTCGATTAAAACCTGACCCATATTCGAACCCCAAATATATATTATACGAGTCGCTTCTGCAAAACCCTAGTTTTCGCTTTCCTCCGTAATTTCACCCCATTTCCAGCAGGTGCGGCGGAAGTTGCCTCAGCAGCCATGGGTATTGATTTGGTCGCCGGAGGCAAGTGCAAGAAGACCAAGCGCACAGCGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995377
ATGGGTATTGATTTGGTCGCCGGAGGCAAGTGCAAGAAGACCAAGCGCACAGCGCCTAAATCCAATGACATTTACCTCAAACTTCTCGTGAAGTTGTACCGCTTTCTTGTGAGGAGGACCGCGAGCCGGTTCAATGCGGTGATATTGAAGCGTTTGATCATGAGCAGGGTCAACAAAGCGCCGCTTTCGCTCTCTCAGCTCACAAAGCTCATGGAAACCAAGAAGGACAAGATTGCTGTTGTTGTAGGGCCTGTTACAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057776629.1
MGIDLVAGGKCKKTKRTAPKSNDIYLKLLVKLYRFLVRRTASRFNAVILKRLIMSRVNKAPLSLSQLTKLMETKKDKIAVVVGPVTDDIRVHDIPAMKVTALRFTERARARIEKAGGECLTFDQLALRAPLGQNTVLLRGSPKAREAVKHFGPAPGVPHSHTKPYVRAKGRKFERARGRRNSRGFRV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器