Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001698

染色体: Chr07 坐标: 14417594-14418818 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001698
名称SmilChr07G001698
描述GATA transcription factor 15-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向14417594 - 14418818 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995394
GeneID130995394
locus_tag-
NCBI NameLOC130995394
原始查询SmilChr07G001698

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GATA transcription factor 15-like
产物GATA transcription factor 15-like
ArabidopsisAT5G49300 (GATA16)
GATA transcription factor 16 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834990]
identity=51.2; qcov=0.928; evalue=1.44e-28; confidence=medium
RiceOs03g0831200 (GATA12)
-
identity=49.6; qcov=0.885; evalue=2.83e-36; confidence=medium
GOGO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding)
KEGG-
PfamPF00320 (GATA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995394

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057776646.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776646.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776646.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057776646.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057776646.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:14418129 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr7:14418134 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B36,C38,C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776646.1
139 aa
N
1
70
139
GATA
C
PF00320 GATA 27-61 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776646.1 Pfam PF00320 GATA Domain 27 61 2.1e-15 56.8 GATA zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920663.1
TAGAGGAAGGGTAAAACCGTCAGTTGAGAGGGAAGCGTAGAGTCAGCTAGGGTTTCGTGTATGTCTGACTAGTGTCCGCCAGATACCATCTCTCTTTTTCAATATTTTCTTTTCCGCATTCCATTAACTCTCTCTCCCTCTCTCTAAAAAAGAGTGTAAACACACTAGCAGTGAAAATTACGCCCATAAAACCCTCATCACTAAAAGAAATATTCATTTTACTACAGATTTGTTATACTGATCATGTTATTGTTACCGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995394
ATGGATCTGAAGCAGGACACGCAACAAATTTCCGAGGAGAAGAAAAACAGCAGCAGCAGCAGTTCTTCCCCTAAAAGCTGCACTGATTGTCGCACCACCAGAACTCCTCTCTGGCGCGGCGGTCCTCACGGACCTAAGTCATTGTGCAATGCGTGCGGTATCAAGTACAATAAGAAGAGGAGAGAGAGTCTGGGTTTGGAAACCGGAAAGAACTGCCGGAAAAAGAAGAGGAGGGGCAGCGCCTCTGGCGGCGGCGAAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776646.1
MDLKQDTQQISEEKKNSSSSSSSPKSCTDCRTTRTPLWRGGPHGPKSLCNACGIKYNKKRRESLGLETGKNCRKKKRRGSASGGGEDRSSEIREILKMRFMSFGSEVLLQRSRKLMSKLREEEQAAILLMALSCGSVSA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器