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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001715

染色体: Chr07 坐标: 14571282-14573545 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001715
名称SmilChr07G001715
描述pollen receptor-like kinase 4
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向14571282 - 14573545 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995407
GeneID130995407
locus_tag-
NCBI NameLOC130995407
原始查询SmilChr07G001715

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pollen receptor-like kinase 4
产物pollen receptor-like kinase 4
ArabidopsisAT5G35390 (PRK1)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833500]
identity=45.9; qcov=1.03; evalue=7.71e-172; confidence=high
RiceOs06g0663000 (OsSTA176)
-
identity=41.4; qcov=0.91; evalue=9.63e-132; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995407

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057776660.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057776660.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776660.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776660.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057776660.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:14571435 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A1
Chr7:14571521 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B129,B35
Chr7:14571526 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B140,D11
Chr7:14571561 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr7:14571576 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,B101
Chr7:14571657 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:14571689 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C7
Chr7:14571747 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A16,B106,B26,B53,C45
Chr7:14571768 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr7:14571777 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B129,B35
Chr7:14572162 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr7:14572184 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776660.1
621 aa
N
1
310
621
LRRNT_2
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF08263 LRRNT_2 25-64 aa PF13855 LRR_8 115-175 aa PF00560 LRR_1 117-134 aa PF00560 LRR_1 141-161 aa PF00560 LRR_1 186-207 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 345-540 aa PF00069 Pkinase 345-614 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776660.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 25 64 8.5e-09 36.3 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057776660.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 115 175 1.6e-11 44.5 Leucine rich repeat
XP_057776660.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 117 134 2.5e-15 54.0 Leucine Rich Repeat
XP_057776660.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 141 161 2.5e-15 54.0 Leucine Rich Repeat
XP_057776660.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 186 207 2.5e-15 54.0 Leucine Rich Repeat
XP_057776660.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 345 540 1.3e-22 81.0 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057776660.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 345 614 1.6e-24 87.4 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920677.1
TCTTCACTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCATACTTTCTCCTAGACAGATACCAATCAATGACCATGTCTCATTTCAAACAAGCAACTGCATAATCGTGTATCAAAATTAATCATGAACTTAATGGTGGTGGTGATGGTGGCGCTGGTGGTGGTGTCGTCACACGTGTTGGGGCAAGAAAATGCTGCAGATGCTCTCCTCAAATTCAAAACTGCCCTAGTGAAGGCAGATCCGGCGCTGGGGAACTGGAACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995407
ATGAACTTAATGGTGGTGGTGATGGTGGCGCTGGTGGTGGTGTCGTCACACGTGTTGGGGCAAGAAAATGCTGCAGATGCTCTCCTCAAATTCAAAACTGCCCTAGTGAAGGCAGATCCGGCGCTGGGGAACTGGAACCCATCGACGGCGCCGTGCACGGGGAACACTGGCAACTGGGCGGGCGTGTTGTGCTTCAACGGGTACGTGGTGGGGTTGCAGCTCGACAACATGGGCCTGCAAGGACAGATCGACGTCGACAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776660.1
MNLMVVVMVALVVVSSHVLGQENAADALLKFKTALVKADPALGNWNPSTAPCTGNTGNWAGVLCFNGYVVGLQLDNMGLQGQIDVDTLTGLQFLRTLSFTNNDFQGPMPDWRKLPTLTSLYLSGNQFSGQIPDDAFNGMDSLKKVYLSDNKFTGPIPASLASPRMVELGLANNQFSGGIPHFSSENLQVFNVSNNQLQGPIPPSMLKLDPSSFTGNTALCEGASCEPPPDMEPILHPLPPSQAKRKKISPAIIAIIVLSV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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