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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001730

染色体: Chr07 坐标: 14720007-14720834 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001730
名称SmilChr07G001730
描述uncharacterized SmilChr07G001730
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向14720007 - 14720834 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993867
GeneID130993867
locus_tag-
NCBI NameLOC130993867
原始查询SmilChr07G001730

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:6240792]; symbol=AT1G56423; hit=AT1G56423; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:6240792]; symbol=AT1G56423; hit=AT1G56423; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G56423 (AT1G56423)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:6240792]
identity=45; qcov=0.966; evalue=7.23e-56; confidence=medium
RiceOs03g0307000
-
identity=44.4; qcov=0.966; evalue=4.6e-49; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993867

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057774886.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.80000 XP_057774886.1
3 Mitochondrion outer membrane 线粒体外膜 0.80000 XP_057774886.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774886.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774886.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:14720152 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,C25
Chr7:14720294 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr7:14720474 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr7:14720503 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B118
Chr7:14720503 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B118
Chr7:14720522 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A24,A7,B10
Chr7:14720555 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B52,C55
Chr7:14720569 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B76
Chr7:14720569 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B76
Chr7:14720666 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918903.1
ACTCCAAGCTACGTATCTTCTGATTCTTTTCTTTGCCCTCAATTAATGCAACGCCAATTTTAACAACCTCTCTTAACCTACTGCAACAATTCTAGTGATCCTCAAAAGATAATTAGATACGACGAGAAATGCAGCTGTTCTCCTCCGTCGCCGGAATTCTTCTCCTCAGCTTCGCCGCCGAGAAATGCCGGGAGCTGGGCGGCGACGATCATCCATGGCGGAATCGAGGAGAGAGATTCACGTTCACCGATTGCTTCGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993867
ATGCAGCTGTTCTCCTCCGTCGCCGGAATTCTTCTCCTCAGCTTCGCCGCCGAGAAATGCCGGGAGCTGGGCGGCGACGATCATCCATGGCGGAATCGAGGAGAGAGATTCACGTTCACCGATTGCTTCGACATGGGCGTGGGCACCGCCGCCTGCCTGCTCAAGGAACTCATCAAGCTCTATCTCTACTACGTCCGAGCCATCTACGTCCAGAGAGTCAGATCCGAGGCGGCGCACAAAGCTCTCACGGCCAACTTGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774886.1
MQLFSSVAGILLLSFAAEKCRELGGDDHPWRNRGERFTFTDCFDMGVGTAACLLKELIKLYLYYVRAIYVQRVRSEAAHKALTANLSQGQGFDDAVAAAREEGEAAARRAKRHVRHVMGPVLSAAWDLFETLYVGGTAAEGIVRSVGTLGGAYGGGIAGEGRMGWVGFVGGSQVGGWAGGRIGLMVYDVWNGVRLLLHRMHLFKH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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