当前解析结果
SmilChr07G001731| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001731 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001731 |
| 描述 | DELLA protein GAIP-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 14721586 - 14724018 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130995419 |
|---|---|
| GeneID | 130995419 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995419 |
| 原始查询 | SmilChr07G001731 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | DELLA protein GAIP-like |
| 产物 | DELLA protein GAIP-like |
| Arabidopsis | AT3G03450 (RGL2)RGA-like 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821251] identity=28.8; qcov=0.754; evalue=3.17e-50; confidence=low |
| Rice | Os03g0707600 (SLR1)- identity=30.2; qcov=0.783; evalue=4.18e-48; confidence=low |
| GO | GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03514 (GRAS) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995419 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057776674.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057776674.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057776674.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057776674.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057776674.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:14721888 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A25,B121 |
Chr7:14722114 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A24 |
Chr7:14722175 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C83 |
Chr7:14722181 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B69 |
Chr7:14722222 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A9,B52,B98,C55 |
Chr7:14722445 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C35 |
Chr7:14722582 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C83 |
Chr7:14722879 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D4 |
Chr7:14722960 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B13 |
Chr7:14723197 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B121,B128,B34,C50 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057776674.1PF03514
GRAS 144-510 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057776674.1 |
Pfam | PF03514 |
GRAS | Family | 144 | 510 | 6.7e-84 | 282.7 | GRAS domain family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。