Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001736`

染色体: Chr07 坐标: 14752012-14752611 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001736`
名称	SmilChr07G001736
描述	uncharacterized SmilChr07G001736
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	14752012 - 14752611 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993869`
GeneID	`130993869`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993869`
原始查询	`SmilChr07G001736`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os01g0300000; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os01g0300000; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G12470` (AT3G12470) Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820426] identity=26.4; qcov=0.97; evalue=8.5e-13; confidence=low
Rice	`Os01g0300000` - identity=29.9; qcov=0.99; evalue=2.46e-30; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006139 (nucleobase-containing compound metabolic process); GO:0008408 (3'-5' exonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF01612 (DNA_pol_A_exo1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993869

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057774888.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057774888.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057774888.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057774888.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057774888.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:14752078`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A9,B52,B98,C55
`Chr7:14752181`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr7:14752296`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	B60,C15,C61,C64,C66
`Chr7:14752296`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	5	B60,C15,C61,C64,C66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774888.1

199 aa

100

199

DNA_pol_A_exo1

PF01612 DNA_pol_A_exo1 32-197 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774888.1`	Pfam	`PF01612`	DNA_pol_A_exo1	Domain	32	197	2.1e-10	41.4	3'-5' exonuclease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918905.1
ATGATCATTCACTCAGTCAAGTTCGAGGGCAAAATCATCGAAACTACTGTGACAAATAAGGCCAATGTGGCTGATGATTGGATGCGTAGTATCAAGAGGTTGTTAAAGCAACATCAAGGCCATCAAATCATTGGAATGAGCTGCAAATTCATTCATCATCCAATTCTGTCTATGAGCAACAAAACTGCACTGTTGCAGCTATGCTTCCAAACAAAATGCCTCATTCTTCAACTCCTACACATGGATTCCAATCCTCTAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993869
ATGATCATTCACTCAGTCAAGTTCGAGGGCAAAATCATCGAAACTACTGTGACAAATAAGGCCAATGTGGCTGATGATTGGATGCGTAGTATCAAGAGGTTGTTAAAGCAACATCAAGGCCATCAAATCATTGGAATGAGCTGCAAATTCATTCATCATCCAATTCTGTCTATGAGCAACAAAACTGCACTGTTGCAGCTATGCTTCCAAACAAAATGCCTCATTCTTCAACTCCTACACATGGATTCCAATCCTCTAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057774888.1
MIIHSVKFEGKIIETTVTNKANVADDWMRSIKRLLKQHQGHQIIGMSCKFIHHPILSMSNKTALLQLCFQTKCLILQLLHMDSNPLALRDFLSDSNTTFVGNDIRKNSQKLQQEYAVRVSRIVDIHYLAEKWFPVSYKGKPSMRALAYGIVGFSVRKCRDRGNIKGDWESRFLDTELIEQACVDAYTSYSIAHKLLKDG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器