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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001738

染色体: Chr07 坐标: 14760000-14761337 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001738
名称SmilChr07G001738
描述uncharacterized SmilChr07G001738
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向14760000 - 14761337 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995425
GeneID130995425
locus_tag-
NCBI NameLOC130995425
原始查询SmilChr07G001738

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os01g0252600; species=rice; confidence=high
产物hit=Os01g0252600; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT4G01935 (AT4G01935)
insulin-induced protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828195]
identity=61.3; qcov=0.873; evalue=2.72e-58; confidence=high
RiceOs01g0252600
-
identity=60.7; qcov=0.955; evalue=1.35e-59; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995425

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057776682.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057776682.1
3 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.40000 XP_057776683.1
4 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057776682.1
5 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 0.20000 XP_057776683.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:14760185 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B52
Chr7:14760215 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B42,B43
Chr7:14760267 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 2 A18,B35
Chr7:14760267 T TC 1bp_insertion CDS_variant 2 A18,B35
Chr7:14760673 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39
Chr7:14760818 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr7:14760978 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr7:14761056 AAG A 2bp_deletion frameshift_variant 9 A19,B100,B113,B132,B3,B97,C15,C61,C64
Chr7:14761116 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A16,B106,B26,C45,D10
Chr7:14761120 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920699.1
GATCTTATATTTGGCATATTACTTTAACATTGAATAAATATCTATTTGTTTTGAAACATATGGTGAGGGACAATTTGGGGATTTAGGGAAACAGTTGTGTGGAGGAGGAGGTGAGGATATATAACAAGATATGAGTATTGCAGTAAATTAAAGGCAAAGAGTATAGATGCAGAGCCTACTGGTTTCTCTCCCTCTCCTTCCATTTAAGACAAGGGTAGTAAGTTGCAGTAGTGAGAGAAAAACAAAGACATGGTCATGGG...
XM_057920700.1
GAGGGACAATTTGGGGATTTAGGGAAACAGTTGTGTGGAGGAGGAGGTGAGGATATATAACAAGATATGAGTATTGCAGTAAATTAAAGGCAAAGAGTATAGATGCAGAGCCTACTGGTTTCTCTCCCTCTCCTTCCATTTAAGACAAGGGTAGTAAGTTGCAGTAGTGAGAGAAAAACAAAGACATGGTCATGGGCGGGCGTGTCTCTCTCTCTCTTCGCCTCCGGCTTCTTCCTCGGCCCCTTGATAGACGGCCTCCA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130995425
ATGCAGAGCCTACTGGTTTCTCTCCCTCTCCTTCCATTTAAGACAAGGGTAGTAAGTTGCAGTAGTGAGAGAAAAACAAAGACATGGTCATGGGCGGGCGTGTCTCTCTCTCTCTTCGCCTCCGGCTTCTTCCTCGGCCCCTTGATAGACGGCCTCCATTCAAGAGTCAATCTCGTGGTCTACCAAAATGGAGCCATCGATGTCGGCCCTCTTCACACCAACATATGGGTGCCTCCTTTACTTGGGGTGTTTTACTGCAG...
LOC130995425
ATGGAGCCATCGATGTCGGCCCTCTTCACACCAACATATGGCGTGGGGCTATTGCAGCTAATCCTAGACGAGAAGCTCGCTCCTTATGGTCAAGAGGGTAGCCCTCAAAAAGTAGCTGCTTCCTTAATAGCATTGGTGGTGATGATAGAATTGAGTGCTGAAATGTACAAAAATGGAGTGGGCGACAACATTGAAGCATACATATTATTTGGTGGGGCTGAGCTTATATGGGCGTTATTAGATAAGACGGCGCTGGGATT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057776682.1
MQSLLVSLPLLPFKTRVVSCSSERKTKTWSWAGVSLSLFASGFFLGPLIDGLHSRVNLVVYQNGAIDVGPLHTNIWVPPLLGVFYCSVGLLQLILDEKLAPYGQEGSPQKVAASLIALVVMIELSAEMYKNGVGDNIEAYILFGGAELIWALLDKTALGFALACVVGIACPLAEIPIIKLWHLWYYPGANVEIFGEGIVSWTIVCYFVYTPFLMSLARWIKTLVASQQGS
XP_057776683.1
MEPSMSALFTPTYGVGLLQLILDEKLAPYGQEGSPQKVAASLIALVVMIELSAEMYKNGVGDNIEAYILFGGAELIWALLDKTALGFALACVVGIACPLAEIPIIKLWHLWYYPGANVEIFGEGIVSWTIVCYFVYTPFLMSLARWIKTLVASQQGS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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