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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001754`

染色体: Chr07 坐标: 14861454-14865301 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001754`
名称	SmilChr07G001754
描述	E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	14861454 - 14865301 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995440`
GeneID	`130995440`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995440`
原始查询	`SmilChr07G001754`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like
产物	E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like
Arabidopsis	`AT2G40830` (RHC1A) RING-H2 finger C1A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818680] identity=40.5; qcov=0.316; evalue=1.35e-15; confidence=low
Rice	`Os03g0324900` - identity=37.8; qcov=0.319; evalue=2.9e-16; confidence=low
GO	GO:0005737 (cytoplasm); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0016567 (protein ubiquitination); GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF12678 (zf-rbx1); PF13445 (zf-RING_UBOX); PF13639 (zf-RING_2); PF13923 (zf-C3HC4_2); PF17123 (zf-RING_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995440

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057776702.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057776702.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057776702.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057776702.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057776702.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:14864540`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6
`Chr7:14864937`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A6,B61
`Chr7:14865015`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D4
`Chr7:14865049`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C10
`Chr7:14865115`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A5,C12,C53
`Chr7:14865226`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	66	A10,A15,A24,A5,A7,B1,B104,B110,B112,B113,B124,B126,B133,B135,B136,B139,B16,B2,B41,B42,B43,B46,B49,B51,B54,B6,B63,B67,B68,B70,B71,B76,B77,B79,B8,B83,B87,B88,B91,C16,C23,C29,C30,C34,C35,C36,C37,C40,C41,C42,C43,C48,C56,C58,C65,C67,C72,C75,C76,C77,C80,C83,D10,D11,D4,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776702.1

282 aa

141

282

zf-RING_2

zf-RING_11

zf-RING_UBOX

zf-C3HC4

zf-C3HC4_2

zf-rbx1

PF13639 zf-RING_2 144-190 aa PF17123 zf-RING_11 145-176 aa PF13445 zf-RING_UBOX 145-187 aa PF00097 zf-C3HC4 145-189 aa PF13923 zf-C3HC4_2 145-189 aa PF12678 zf-rbx1 160-190 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057776702.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	144	190	9.2e-15	55.4	Ring finger domain
`XP_057776702.1`	Pfam	`PF17123`	zf-RING_11	Domain	145	176	3.1e-07	30.7	RING-like zinc finger
`XP_057776702.1`	Pfam	`PF13445`	zf-RING_UBOX	Domain	145	187	1.2e-07	32.3	RING-type zinc-finger
`XP_057776702.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	145	189	4e-09	36.9	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057776702.1`	Pfam	`PF13923`	zf-C3HC4_2	Domain	145	189	9.1e-10	38.9	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057776702.1`	Pfam	`PF12678`	zf-rbx1	Domain	160	190	5.2e-08	33.7	RING-H2 zinc finger domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA

XR_009092148.1
CAGCGCGAATTATTACTCTGCAGCGGAATATAAGCTGAAAAAGAAAGAGTGAAACGCGGTGACATTAACTTAATGACAACGGAGCCACCCACTCTCCGTTCAATCCCGTCTTTCGGCGTTTCGTCGCTCCGCCGCTCATACAGCTGCTACAACTGCAACTACTCCTTCCATATAACTCCCACAACTAACACATCCCTCGCTCCCCCGTCTTCTTTCCGCTGCCCTCGATGCCACCACCGCCACCTCATCCCCCACCACAC...

XR_009092149.1
GACAGCGCGAATTATTACTCTGCAGCGGAATATAAGCTGAAAAAGAAAGAGTGAAACGCGGTGACATTAACTTAATGACAACGGAGCCACCCACTCTCCGTTCAATCCCGTCTTTCGGCGTTTCGTCGCTCCGCCGCTCATACAGCTGCTACAACTGCAACTACTCCTTCCATATAACTCCCACAACTAACACATCCCTCGCTCCCCCGTCTTCTTTCCGCTGCCCTCGATGCCACCACCGCCACCTCATCCCCCACCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995440
ATGACAACGGAGCCACCCACTCTCCGTTCAATCCCGTCTTTCGGCGTTTCGTCGCTCCGCCGCTCATACAGCTGCTACAACTGCAACTACTCCTTCCATATAACTCCCACAACTAACACATCCCTCGCTCCCCCGTCTTCTTTCCGCTGCCCTCGATGCCACCACCGCCACCTCATCCCCCACCACACCATTTCTTTATCGCCTCCTTCGTCCGCGCTTCCCACGCGGGATAACGATTATTCTCCTGCTATCACCAGCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057776702.1
MTTEPPTLRSIPSFGVSSLRRSYSCYNCNYSFHITPTTNTSLAPPSSFRCPRCHHRHLIPHHTISLSPPSSALPTRDNDYSPAITSFEYQTSDDSDSDDDDDSDNSLLSFTFPNSHQFTPALTSFVDSLPLVKFPPNSTLSAQSCPICIEDFEVNSDTSGAVNELPCKHYFHKDCIVQWLQRSSTCPLCRHKLPSNRSPEKGINRGTTESEAGYDAILVVDFASVREPALSSTSGSGDGSLDSNVAVSGSDRRVLSAYGG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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