Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001757`

染色体: Chr07 坐标: 14885037-14886648 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001757`
名称	SmilChr07G001757
描述	cyclin-dependent kinase inhibitor 3-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	14885037 - 14886648 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995443`
GeneID	`130995443`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995443`
原始查询	`SmilChr07G001757`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cyclin-dependent kinase inhibitor 3-like
产物	cyclin-dependent kinase inhibitor 3-like
Arabidopsis	`AT5G48820` (ICK6) inhibitor/interactor with cyclin-dependent kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834940] identity=30.9; qcov=1.38; evalue=6.08e-20; confidence=low
Rice	`Os09g0459900` (OsiICK4) - identity=48.1; qcov=0.338; evalue=8.6e-13; confidence=low
GO	GO:0004861 (cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0045736 (negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity)
KEGG	-
Pfam	PF02234 (CDI)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995443

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057776706.1`
2	Nuclear body	核内小体	0.20000	`XP_057776706.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057776706.1`
4	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057776706.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057776706.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:14885188`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D4
`Chr7:14885385`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A1,B53,B77
`Chr7:14886282`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B123,C46
`Chr7:14886288`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B140,D11
`Chr7:14886307`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B10,B93
`Chr7:14886319`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B49,B79,C36

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776706.1

160 aa

160

CDI

PF02234 CDI 114-155 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057776706.1`	Pfam	`PF02234`	CDI	Family	114	155	1.5e-13	51.3	Cyclin-dependent kinase inhibitor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057920723.1
TATTTAAGAATTACTGTTGGAAGTGACGTATGCTATAAAATGGATTTGGGTTTTGTGTAAATTTGGTTTAATATAAACAGTTTACAGAGTCTCCGAGGTAGAGCCGAGGCACCCAAAATTCAGAACCCACCTCAAATTCAACCAAATCATTTACACATTTTAACTGCGCTTCTCTCTCTACATGAAAACATTTGATATCTGAAGAGATCAGTAAGTAGCCATGGGAAAGTGCACGAAGAAAGCAAAGATGACGGCTGACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995443
ATGGGAAAGTGCACGAAGAAAGCAAAGATGACGGCTGACGTAGCCCTCACCGATGTCTCACACTCGTACCTTGGTGTTCGCACCCACACCAAAACCCTACCCCTTCGCCGCCTCCCCACCGCTGCCGCATCTAAGCCCGACCTCCGCCTGGAAAAAACCATGCACCCGAAAAATTCACGACGCAGCTGCGGTTGCAGAGGCAAAGAAGACGCCGAAATTGGAATACACGAGGAGTTGTCGCCGCCAGATTCAACTCAAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057776706.1
MGKCTKKAKMTADVALTDVSHSYLGVRTHTKTLPLRRLPTAAASKPDLRLEKTMHPKNSRRSCGCRGKEDAEIGIHEELSPPDSTQGEGLGIEASFGENNLDFHVRQRTCWSPPAHEVEEFFAREEQSIHRHFLEKYNFDIVRDLALHGRYEWVALPLRP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器