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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001761

染色体: Chr07 坐标: 14910093-14911862 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001761
名称SmilChr07G001761
描述eIF-2-alpha kinase GCN2-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向14910093 - 14911862 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995448
GeneID130995448
locus_tag-
NCBI NameLOC130995448
原始查询SmilChr07G001761

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述eIF-2-alpha kinase GCN2-like
产物eIF-2-alpha kinase GCN2-like
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995448

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057776712.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057776712.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057776712.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057776712.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776712.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:14911104 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,B131
Chr7:14911124 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 5 B66,B68,B72,B94,C82
Chr7:14911124 TG T 1bp_deletion CDS_variant 5 B66,B68,B72,B94,C82
Chr7:14911134 T TAA 2bp_insertion frameshift_variant 16 A14,A18,A20,B10,B103,B130,B17,B36,B48,B80,C12,C13,C19,C33,C73,D1
Chr7:14911328 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 68 A1,A21,A23,A7,B102,B107,B117,B119,B123,B125,B127,B128,B129,B134,B136,B139,B14,B16,B2,B21,B27,B29,B3,B35,B4,B41,B44,B5,B51,B52,B57,B58,B59,B6,B61,B62,B65,B66,B7,B73,B74,B76,B79,B8,B85,B86,B90,B92,C15,C17,C18,C2,C20,C21,C22,C31,C32,C34,C47,C61,C67,C68,C7,C77,C81,C84,C9,D6
Chr7:14911360 C CAT 2bp_insertion frameshift_variant 4 B112,B115,B93,C70
Chr7:14911360 C CAT 2bp_insertion CDS_variant 4 B112,B115,B93,C70
Chr7:14911362 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 11 A15,A4,B117,B136,B34,B4,B49,B79,C18,C20,C36
Chr7:14911366 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B55
Chr7:14911653 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B115
Chr7:14911653 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B115
Chr7:14911679 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XR_009092157.1
GTATCTAATTCATCAAAATCCCAAATCAAAGAACACATCCAGATTTGCCGATAACTTAATAGTAAATGCTCTTGAACAGCTCAAATTCAATTTGAGGTATAAACAAATGGGCGATTCGAAGAAGAAGAAGCGGAGCGGTGGCGGAGGTCGCCGCGCCCAGTCGAAGGGCCATCACTCGACTACCGCCGATAATTCAGAAATTTTAACCGAGGAAGAAACTGCGTTGTGAGTTTTTTCTTATTTTTGAACTTTTAATGAAC...
XR_009092156.1
GTATCTAATTCATCAAAATCCCAAATCAAAGAACACATCCAGATTTGCCGATAACTTAATAGTAAATGCTCTTGAACAGCTCAAATTCAATTTGAGGTATAAACAAATGGGCGATTCGAAGAAGAAGAAGCGGAGCGGTGGCGGAGGTCGCCGCGCCCAGTCGAAGGGCCATCACTCGACTACCGCCGATAATTCAGAAATTTTAACCGAGGAAGAAACTGCGTTGTGAGTTTTTTCTTATTTTTGAACTTTTAATGAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995448
ATGGGCGATTCGAAGAAGAAGAAGCGGAGCGGTGGCGGAGGTCGCCGCGCCCAGTCGAAGGGCCATCACTCGACTACCGCCGATAATTCAGAAATTTTAACCGAGGAAGAAACTGCGTTGTCATGCTCAAAGGATACCGGATATGAGGATTCTAATGTTTGTGCTCAGCTTTCTTTGAGATGTTTACCAGGTAGGACCTTAGTGATAGCCAGAGGAGGAGGAGGATTACTCGATATGTTCTTTGATTTGGGATTTTGA

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776712.1
MGDSKKKKRSGGGGRRAQSKGHHSTTADNSEILTEEETALSCSKDTGYEDSNVCAQLSLRCLPGRTLVIARGGGGLLDMFFDLGF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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