当前解析结果
SmilChr07G001766| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001766 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001766 |
| 描述 | uncharacterized protein At4g13200, chloroplastic-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 14960210 - 14961892 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130995454 |
|---|---|
| GeneID | 130995454 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995454 |
| 原始查询 | SmilChr07G001766 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826935]; symbol=AT4G13200; hit=AT4G13200; species=arabidopsis; confidence=low |
| 产物 | uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826935]; symbol=AT4G13200; hit=AT4G13200; species=arabidopsis; confidence=low |
| Arabidopsis | AT4G13200 (AT4G13200)uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826935] identity=58.1; qcov=0.392; evalue=6.12e-22; confidence=low |
| Rice | Os04g0513000- identity=55.7; qcov=0.323; evalue=1.88e-16; confidence=low |
| GO | GO:0009535 (chloroplast thylakoid membrane); GO:0010027 (thylakoid membrane organization) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF20711 (DUF6825) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995454 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057776720.1 |
| 2 | Chloroplast thylakoid | 类囊体 | 1.00000 | XP_057776720.1 |
| 3 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 0.20000 | XP_057776720.1 |
| 4 | Chloroplast thylakoid membrane | 类囊体膜 | 0.20000 | XP_057776720.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057776720.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:14960469 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B108,B131 |
Chr7:14960502 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C21,D10 |
Chr7:14960503 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A4,B34,C20 |
Chr7:14960559 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B108,B131 |
Chr7:14961648 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B66,B72,B94 |
Chr7:14961649 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 4 | A18,C11,C13,C69 |
Chr7:14961649 |
C |
CA |
1bp_insertion | CDS_variant | 4 | A18,C11,C13,C69 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057776720.1PF20711
DUF6825 61-154 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057776720.1 |
Pfam | PF20711 |
DUF6825 | Family | 61 | 154 | 1.9e-23 | 83.6 | Family of unknown function (DUF6825) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。