Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001768`

染色体: Chr07 坐标: 14983676-14986209 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001768`
名称	SmilChr07G001768
描述	vesicle-associated membrane protein 722
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	14983676 - 14986209 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995456`
GeneID	`130995456`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995456`
原始查询	`SmilChr07G001768`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	vesicle-associated membrane protein 722
产物	vesicle-associated membrane protein 722
Arabidopsis	`AT2G32670` (VAMP725) vesicle-associated membrane protein 725 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817827] identity=88.2; qcov=0.991; evalue=1.54e-137; confidence=high
Rice	`Os07g0194000` (spb1) - identity=91.8; qcov=0.986; evalue=2.6e-133; confidence=high
GO	GO:0016020 (membrane); GO:0016192 (vesicle-mediated transport)
KEGG	smil04130 (SNARE interactions in vesicular transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04142 (Lysosome biogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04145 (Phagocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00957 (Synaptobrevin); PF13774 (Longin)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995456

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vesicle	囊泡	1.00000	`XP_057776722.1`
2	Endosome	内体	1.00000	`XP_057776722.1`
3	Endosome membrane	内体膜	1.00000	`XP_057776722.1`
4	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	0.80000	`XP_057776722.1`
5	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057776722.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:14985885`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C46
`Chr7:14985885`	`T`	`TA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C46
`Chr7:14986002`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	C72,C83
`Chr7:14986002`	`T`	`TA`	1bp_insertion	CDS_variant	2	C72,C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776722.1

222 aa

111

222

Longin

Synaptobrevin

PF13774 Longin 18-113 aa PF00957 Synaptobrevin 130-210 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057776722.1`	Pfam	`PF13774`	Longin	Domain	18	113	3e-26	92.1	Regulated-SNARE-like domain
`XP_057776722.1`	Pfam	`PF00957`	Synaptobrevin	Domain	130	210	2.5e-30	104.9	Synaptobrevin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057920739.1
ACACCAAAGCGTTCTCATTCAAAATGAAAAAGCGTGTAAACTGATAAATGCTCCTTTCTCTTTCTCTCTCTAGAAAATCAAATAGTAATCGTCCCACGCTTTCCGCTTTCTTCTCCCAAATGTTTCTCTCTCTCTAGACTCCCCCACTACATAAATACACCGATTCTTTTTTCCCCTTCGTTTTTCCTCTCATTTTCCCCCATCTCCCCCTACATCTCTATCTCTACGGTTATACATACGCGCATAGAAGCTTCGCCTAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995456
ATGGGGCAGCAGTCGTTGATCTACAGCTTCGTGGCGCGCGGCACCGTGATCCTGGCCGAGTACACCGAGTTCACCGGCAACTTCACCGGAATTGCCGCGCAGTGCCTCCAGAAACTCCCGGCCTCCAACAACAAGTTTACCTACAACTGCGACGGCCATACTTTCAATTACCTCGTTGAGGATGGATTCACATACTGTGTTGTGGCTGTTGAATCTATTGGAAGACAGATTCCTATTGCATTCCTTGAGCGAATCAAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057776722.1
MGQQSLIYSFVARGTVILAEYTEFTGNFTGIAAQCLQKLPASNNKFTYNCDGHTFNYLVEDGFTYCVVAVESIGRQIPIAFLERIKEDFTKKYGGGKAATAVANSLNKEFGPKLKEQMQYCVDHPDEISKLAKVKAQVSEVKGVMMENIEKVLDRGEKIELLVDKTENLRSQAQDFRTQGTKMRRKMWLQNMKIKLIVLAIIIALILIIVLSVCGGFNCSNK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器