当前解析结果
SmilChr07G001780| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001780 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001780 |
| 描述 | heat shock 22 kDa protein, mitochondrial-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 15090443 - 15091510 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130995467 |
|---|---|
| GeneID | 130995467 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995467 |
| 原始查询 | SmilChr07G001780 |
| 来源 | GFF basic annotation; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | heat shock 22 kDa protein, mitochondrial-like |
| 产物 | heat shock 22 kDa protein%2C mitochondrial-like |
| Arabidopsis | AT5G51440 (AT5G51440)HSP20-like chaperones superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835218] identity=48.2; qcov=1.07; evalue=7.73e-57; confidence=high |
| Rice | Os02g0758000 (OsHsp24.1)- identity=44; qcov=1.1; evalue=1.11e-43; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | smil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00011 (HSP20); PF17886 (ArsA_HSP20); PF27746 (Small_heat_shock_put) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995467 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057776740.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057776740.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057776740.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057776740.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057776740.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:15090736 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C39 |
Chr7:15090803 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C35 |
Chr7:15091143 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C60 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057776740.1PF27746
Small_heat_shock_put 106-190 aa
PF00011
HSP20 111-205 aa
PF17886
ArsA_HSP20 117-187 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057776740.1 |
Pfam | PF27746 |
Small_heat_shock_put | Family | 106 | 190 | 7.8e-13 | 49.0 | Predicted plant small heat shock protein |
XP_057776740.1 |
Pfam | PF00011 |
HSP20 | Domain | 111 | 205 | 1.3e-18 | 67.7 | Hsp20/alpha crystallin family |
XP_057776740.1 |
Pfam | PF17886 |
ArsA_HSP20 | Domain | 117 | 187 | 7.8e-07 | 29.3 | HSP20-like domain found in ArsA |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。