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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001786

染色体: Chr07 坐标: 15185515-15227278 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001786
名称SmilChr07G001786
描述octanoyltransferase LIP2, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向15185515 - 15227278 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995475
GeneID130995475
locus_tag-
NCBI NameLOC130995475
原始查询SmilChr07G001786

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述octanoyltransferase LIP2, mitochondrial-like
产物octanoyltransferase LIP2%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT1G04640 (LIP2)
lipoyltransferase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839462]
identity=71.9; qcov=1.01; evalue=1.29e-127; confidence=high
RiceOs03g0321800
-
identity=65; qcov=0.97; evalue=1.09e-111; confidence=high
GOGO:0005739 (mitochondrion); GO:0009249 (protein lipoylation); GO:0033819 (lipoyl(octanoyl) transferase activity)
KEGGsmil00785 (Lipoic acid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF21948 (LplA-B_cat)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995475

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057776748.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057776748.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057776748.1
4 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057776753.1
5 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.20000 XP_057776748.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:15224263 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr7:15224275 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 1 B101
Chr7:15224275 C CA 1bp_insertion CDS_variant 1 B101
Chr7:15224280 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,B130,C4,C62,C8
Chr7:15224835 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 52 A10,A15,B104,B108,B113,B117,B126,B127,B130,B131,B132,B133,B135,B139,B16,B18,B22,B23,B4,B46,B47,B6,B63,B67,B68,B70,B71,B73,B8,B83,B87,B91,B93,B95,C1,C14,C16,C26,C29,C32,C46,C54,C56,C65,C67,C68,C7,C72,C73,C8,C83,D2
Chr7:15224894 ATT A 2bp_deletion frameshift_variant 1 D7
Chr7:15224894 ATT A 2bp_deletion CDS_variant 1 D7
Chr7:15224923 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A1,B53
Chr7:15224957 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 32 A1,A11,A2,A20,A23,A9,B106,B109,B117,B119,B12,B139,B25,B28,B35,B4,B41,B52,B57,B58,B74,B98,B99,C11,C20,C28,C31,C45,C55,C69,C75,C78
Chr7:15225061 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr7:15225086 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B84,C27,C71
Chr7:15225345 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776748.1
247 aa
N
1
124
247
LplA-B_cat
C
PF21948 LplA-B_cat 30-217 aa
XP_057776749.1
247 aa
N
1
124
247
LplA-B_cat
C
PF21948 LplA-B_cat 30-217 aa
XP_057776750.1
276 aa
N
1
138
276
LplA-B_cat
C
PF21948 LplA-B_cat 59-246 aa
XP_057776751.1
262 aa
N
1
131
262
LplA-B_cat
C
PF21948 LplA-B_cat 45-232 aa
XP_057776752.1
262 aa
N
1
131
262
LplA-B_cat
C
PF21948 LplA-B_cat 45-232 aa
XP_057776753.1
233 aa
N
1
116
233
LplA-B_cat
C
PF21948 LplA-B_cat 16-203 aa
XP_057776754.1
233 aa
N
1
116
233
LplA-B_cat
C
PF21948 LplA-B_cat 16-203 aa
XP_057776755.1
233 aa
N
1
116
233
LplA-B_cat
C
PF21948 LplA-B_cat 16-203 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776748.1 Pfam PF21948 LplA-B_cat Domain 30 217 3.4e-44 151.9 Lipoyl protein ligase A/B catalytic domain
XP_057776749.1 Pfam PF21948 LplA-B_cat Domain 30 217 3.4e-44 151.9 Lipoyl protein ligase A/B catalytic domain
XP_057776750.1 Pfam PF21948 LplA-B_cat Domain 59 246 4.6e-44 151.5 Lipoyl protein ligase A/B catalytic domain
XP_057776751.1 Pfam PF21948 LplA-B_cat Domain 45 232 4e-44 151.7 Lipoyl protein ligase A/B catalytic domain
XP_057776752.1 Pfam PF21948 LplA-B_cat Domain 45 232 4e-44 151.7 Lipoyl protein ligase A/B catalytic domain
XP_057776753.1 Pfam PF21948 LplA-B_cat Domain 16 203 2.8e-44 152.2 Lipoyl protein ligase A/B catalytic domain
XP_057776754.1 Pfam PF21948 LplA-B_cat Domain 16 203 2.8e-44 152.2 Lipoyl protein ligase A/B catalytic domain
XP_057776755.1 Pfam PF21948 LplA-B_cat Domain 16 203 2.8e-44 152.2 Lipoyl protein ligase A/B catalytic domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920769.1
GGGTTCGGTTATCGTACCCGAATTTTCGGTTACCCGAACCCAAAATTGTCATATTTCACTAACCGTTCTCGAACCGTTTTAGACAGTTTGATGATAATATTTCAAGTATATATTCCGTTTGACATTTTAATGAGTGTTAACACTTGGATGAATATGATATATTTGATTATTCAGGAAATGAGAGGTCCTAGAAGCATTGAGATATGGAAGATGGGAGCTGTGAATTATTTGGAGGCACTTAAGCTGCAAGAGAAATTGTC...
XM_057920768.1
GGGTTCGGTTATCGTACCCGAATTTTCGGTTACCCGAACCCAAAATTGTCATATTTCACTAACCGTTCTCGAACCGTTTTAGACAGTTTGATGATAATATTTCAAGTATATATTCCGTTTGACATTTTAATGAGTGTTAACACTTGGATGAATATGATATATTTGATTATTCAGGAAATGAGAGGTCCTAGAAGCATTGAGATATGGAAGATGGGAGCTGTGAATTATTTGGAGGCACTTAAGCTGCAAGAGAAATTGTC...

CDS

8 records

下载 CDS FASTA
LOC130995475
ATGAAACCCACACCCTTTACTCCCTCCGTCCCAATAAAAGAAATGAGAGGTCCTAGAAGCATTGAGATATGGAAGATGGGAGCTGTGAATTATTTGGAGGCACTTAAGCTGCAAGAGAAATTGTCATCTGATAGAAAAACACACAAGATCAAAGACACCCTGCTGTCTCTACAGCATCCACCCACGTTTACTCTTGGCAAAAGGCGCACTGTTCATAACGTATTGGTTTCTGAGGCTGAACTCAAAGCAATGGGGGCAGA...
LOC130995475
ATGAAACCCACACCCTTTACTCCCTCCGTCCCAATAAAAGAAATGAGAGGTCCTAGAAGCATTGAGATATGGAAGATGGGAGCTGTGAATTATTTGGAGGCACTTAAGCTGCAAGAGAAATTGTCATCTGATAGAAAAACACACAAGATCAAAGACACCCTGCTGTCTCTACAGCATCCACCCACGTTTACTCTTGGCAAAAGGCGCACTGTTCATAACGTATTGGTTTCTGAGGCTGAACTCAAAGCAATGGGGGCAGA...

Protein

8 records

下载 Protein FASTA
XP_057776748.1
MKPTPFTPSVPIKEMRGPRSIEIWKMGAVNYLEALKLQEKLSSDRKTHKIKDTLLSLQHPPTFTLGKRRTVHNVLVSEAELKAMGAELHYTERGGDVTFHGPHQAVLYPIISLRDIRIGARKYVENLESTMIELASLYGVKARAGHTGETGVWVGHRKIGAIGVRISSGITSHGLAFNIDPDLNYFKHIVPCGIADKEVTSLQKEVGKVLPSEQVIHEQLISSFVKVFGYTDVTWRDKTSESSDDKE
XP_057776749.1
MKPTPFTPSVPIKEMRGPRSIEIWKMGAVNYLEALKLQEKLSSDRKTHKIKDTLLSLQHPPTFTLGKRRTVHNVLVSEAELKAMGAELHYTERGGDVTFHGPHQAVLYPIISLRDIRIGARKYVENLESTMIELASLYGVKARAGHTGETGVWVGHRKIGAIGVRISSGITSHGLAFNIDPDLNYFKHIVPCGIADKEVTSLQKEVGKVLPSEQVIHEQLISSFVKVFGYTDVTWRDKTSESSDDKE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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