当前解析结果
SmilChr07G001788| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001788 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001788 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G001788 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 15217911 - 15223105 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130995472 |
|---|---|
| GeneID | 130995472 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995472 |
| 原始查询 | SmilChr07G001788 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | selenoprotein O [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831143]; symbol=AT5G13030; hit=AT5G13030; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | selenoprotein O [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831143]; symbol=AT5G13030; hit=AT5G13030; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT5G13030 (AT5G13030)selenoprotein O [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831143] identity=77.6; qcov=0.908; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os06g0320700- identity=80.7; qcov=0.854; evalue=0; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02696 (SelO) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995472 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057776746.1 |
| 2 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.20000 | XP_057776746.1 |
| 3 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 0.20000 | XP_057776746.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057776746.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057776746.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:15219591 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B97 |
Chr7:15220183 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C5 |
Chr7:15221423 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C35 |
Chr7:15222792 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A13,B125 |
Chr7:15222846 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B49,B79,C36 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057776746.1PF02696
SelO 130-608 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057776746.1 |
Pfam | PF02696 |
SelO | Family | 130 | 608 | 9.1e-124 | 414.4 | Protein adenylyltransferase SelO |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。