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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001795

染色体: Chr07 坐标: 15297715-15300434 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001795
名称SmilChr07G001795
描述receptor-like protein kinase FERONIA
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向15297715 - 15300434 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993877
GeneID130993877
locus_tag-
NCBI NameLOC130993877
原始查询SmilChr07G001795

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein kinase FERONIA
产物receptor-like protein kinase FERONIA
ArabidopsisAT3G51550 (FER)
Malectin/receptor-like protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824318]
identity=47.9; qcov=0.984; evalue=1.39e-119; confidence=high
RiceOs01g0769700 (DRUS2)
-
identity=50.4; qcov=0.916; evalue=1.08e-123; confidence=high
GOGO:0004714 (transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009506 (plasmodesma); GO:0046777 (protein autophosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993877

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057774896.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774896.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774896.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774896.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057774896.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:15297717 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr7:15297733 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr7:15297741 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B48,C71
Chr7:15297779 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C32,C46,C72,C83
Chr7:15297781 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 32 A13,B102,B108,B111,B113,B125,B131,B137,B37,B38,B39,B42,B43,B5,B59,B70,B86,B97,C17,C27,C32,C33,C46,C55,C63,C72,C79,C83,C87,D3,D7,D9
Chr7:15297793 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,A4,B75,C85
Chr7:15297799 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B19,C18
Chr7:15297856 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C32,C46
Chr7:15297920 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C69
Chr7:15297923 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr7:15297926 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B39,B5,D3
Chr7:15297934 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B19,C36,C68,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774896.1
431 aa
N
1
216
431
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 169-368 aa PF00069 Pkinase 169-374 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774896.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 169 368 3.5e-44 151.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057774896.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 169 374 5.4e-43 148.0 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918913.1
ATGGTGAATAATGCCTCCGAGAGACGGATTCTCGAAGACGAAGTTGCGAGCGTTGAAAATCTACGGCGACTTGATGACGGATATCGTGGAAAGCAAGACTTTAGCCTATGTTTGCAACCTTTCTTTGAGAAAGAAAACACACTTGCCTGCGTGTTGCTAAATGGCTTAGAATTTTTCAAACTCAATGATTCCACAAGGAGTTTTGCAGCCGCCAACCTCGAGCTCATGGTGGATTCTTCTCCGCCAGCGAAGAAGAAAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993877
ATGGTGAATAATGCCTCCGAGAGACGGATTCTCGAAGACGAAGTTGCGAGCGTTGAAAATCTACGGCGACTTGATGACGGATATCGTGGAAAGCAAGACTTTAGCCTATGTTTGCAACCTTTCTTTGAGAAAGAAAACACACTTGCCTGCGTGTTGCTAAATGGCTTAGAATTTTTCAAACTCAATGATTCCACAAGGAGTTTTGCAGCCGCCAACCTCGAGCTCATGGTGGATTCTTCTCCGCCAGCGAAGAAGAAAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774896.1
MVNNASERRILEDEVASVENLRRLDDGYRGKQDFSLCLQPFFEKENTLACVLLNGLEFFKLNDSTRSFAAANLELMVDSSPPAKKKNGIVTYAVVGSVVDLLAVVAAIGFFILRRRQKMKDAATSITKSSWTTLSTARTSGSSAAISLPSDLYKYFSFNDIKTVTHNFVIGRGGFGNVYKALIDDDAVTVAIKRLNPFSSQGAREFLTEIEMLSKLRHLHLVSLIGYYDDDGEMILVYDYMAHGSLRDHIIHTSENSPLT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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